同时运行R Markdown（check.Rmd）和R knitr（test.Rnw）文件

Question

我有以下问题;有两个大文档，一个写在R Markdown（check.Rmd），另一个写在R knitr（test.Rnw）。在第一个文档中，我们有如下代码：

\section{Organisations Test}

\textbf{Running Organisations Checks}

<<CreateOrganisations, echo=FALSE, progress=TRUE, warning=FALSE, eval=TRUE>>=
source("OrganisationsTest.R")
OrganisationsTest(current_schema,server,user,pass)

@

另一个如下：

  2. check the downwards shock
```{r chunk_Int_Sh_p2,  echo=FALSE}
unique(param.int.shock.tab[SHOCKTYPE=="SHOCK_DOWN"&PERIODEND<21|PERIODEND==90, list( Maturity=PERIODEND, Shock_value=100*SHOCKVALUE)])
``` 

现在问题是：如何将两者结合起来，以便我只有一个脚本可以运行并一个接一个地编译。仅仅是为了澄清，我的意思是在两个文档中没有任何更改，我如何只有一个脚本适用于第一个文档knit PDF来创建pdf而另一个CompilePDF？

我想在Linux中可以编写一个shell脚本，但在窗口中使用RStudio的回合是什么？ 我真的很感激每一个暗示我都有点无奈！

附录：原则上如下：如果你要编译一个knitr文件你会在RStudio中使用底部，我们有2个文件，对于Markdown文件，可以使用RStudio中的底部，但我们想要将两者放在一起并在一个底部点击。怎么可能？

Answer 1

RStudio按钮“编译PDF”（用于RNW文档）和“编织PDF”（用于RMD文档）很方便，但在这种情况下，了解他们做什么很重要为了重现相同或类似的行为。

总结问题，它要求一种方法将两个文件（RMD和RNW文档）转换为PDF，最好使用上面提到的两个按钮之类的按钮。

不幸的是（据我所知），无法向RStudio GUI添加任何用户定义的按钮。但是编写一个编译两个文档的R脚本很简单。

在下面我假设有两个文件：

• first.Rmd：

  This is a RMD file.
  
  ```{r, echo=FALSE}
  plot(1)
  ```
  

• second.Rnw：

  \documentclass{article}
  \begin{document}
  
  This is a RNW file.
  
  <<>>=
  plot(1)
  @
  \end{document}
  

要将first.Rmd编译为PDF，我们需要以下内容（请参阅How to convert R Markdown to PDF?）：

library(knitr)
library(rmarkdown)

knit(input = "first.Rmd")
render(input = "first.md", output_format = "pdf_document")

knit调用从first.md生成first.Rmd，在块中执行R代码。 render将生成的markdown文件转换为PDF。 [注意底部的附录！]

要将first.Rnw编译为PDF，我们只需使用knit2pdf：

即可

knit2pdf("second.Rnw")

将两个片段复制到一个R脚本中并单击“源”尽可能接近“一键式解决方案”。

但请注意，这些代码段与“编译/编织PDF”按钮非常相似，但不相同。 “编译”按钮启动新R会话，而上述解决方案使用当前会话。

• 在执行代码段之前，请确保使用正确的工作目录。
• 默认情况下knit和knit2pdf都使用envir = parent.frame()。这意味着块中的R代码在调用 enironment中执行（参见What is the difference between parent.frame() and parent.env() in R）。这可能是一个有用的功能，例如将变量“传递”到块中，但了解它很重要。否则，文档可能在一个会话中编译得很好（调用环境中存在某些变量）但不能在另一个会话中编译（缺少这些变量）。因此，就再现性而言，该特征有点危险。作为解决方案，可以使用envir = new.env(parent = as.environment(2));有关该主题的详细信息，请参阅knitr inherits variables from a user's environment, even with envir = new.env()。

我刚刚意识到要关注render：

  

如果输入需要编织，则在knit之前调用pandoc。

（来源：?render）

因此，knit(input = "first.Rmd"); render(input = "first.md", output_format = "pdf_document")可以简化为render(input = "first.Rmd", output_format = "pdf_document")。上述envir的{​​{1}}问题也适用于knit。