如何比较存储在字典p中的两个子串？

Question

我试图基于比较集合A的子串之间的重叠来创建邻接矩阵。如果子串之间存在重叠，那么我将在矩阵中存储+1，否则不会。我已经编写了一个代码利用用于比较字符串的序列匹配器，但在尝试执行代码时出现以下错误。

import numpy
import array
from difflib import SequenceMatcher as sm
##
###read the file
##f=open('spectrum.txt','r')
##s=f.readlines()
##a=str(s)

a='{ATG,TGG,TGC,GTG,GGC,GCA,GCG,CGT}'
p= dict(enumerate(a[1:-1].split(",")))
print p    
n= p.keys()[-1]
print p.keys()[1]

M=numpy.zeros([n,n],int)
print M
for i in range(0,n-1):
    for j in range(0,n-1):
        if i==j:
            pass
        elif sm(None,p.keys(i),p.keys(j))!=0:
            M[i,j]+=1
        else:
            pass
print M

Answer 1

您的追溯会告诉您究竟是什么问题。在这一行：

elif sm(None,p.keys(i),p.keys(j))!=0:

您已将i作为参数传递给.keys。 keys不接受任何争论。您可能打算使用keys()[i]，但实际上，如果您实际尝试访问.keys()[i]，您应该使用items()代替keys() {1}}这样您就可以从字典中访问(key, value)形式的2元组了。