Question

使用以下代码我得到了我想要的数据，但由于某种原因我无法弄清knitr不能让我编译PDF文档，如下所示：

我的代码：

install.packages("weatherData")
library(weatherData)
istanbul <- getWeatherForDate("Istanbul",
                              start_date = Sys.Date() - 41, 
                              end_date = Sys.Date())

没有问题但是我在尝试编译PDF时收到以下消息：

Quitting from lines 3-31 (ist_weather.spin.Rmd) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
  trying to use CRAN without setting a mirror
Calls: <Anonymous> ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> contrib.url
Execution halted

Answer 1

Knitr会产生一个R会话，没有默认的镜像，除非您特别要求。我们倾向于忘记在使用Rstudio时我们需要为每个R会话设置CRAN，因为它会处理它，但仅用于交互式使用，而不是针对knitr。

您可以尝试将镜像指定为install.packages参数：

install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

或者，您可以在.Rprofile中设置默认的CRAN镜像。请参阅this answer。

那就是说，通过编辑文档安装软件包并不是一个好主意，你可能会多次编译。如果需要，您应该让人们知道如何安装缺少的软件包，或至少在再次安装软件包之前测试软件包是否已安装

if(!require(weatherData)) install.packages("weatherData",repos = "http://cran.us.r-project.org")

Answer 2

您必须在R中设置CRAN存储库。为此，请启动R或RStudio。在R终端中运行以下代码。

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
install.packages("weatherData")

以上代码在R中定义了CRAN存储库，在下一个软件包安装中，无需再次定义。

另一种方法是简单地运行install.packages("weatherData", repos="http://cran.us.r-project.org")。但是，在第二种解决方案中，未设置存储库，因此您必须在每次安装软件包时将其作为参数传递。

Answer 3

老实说

它对我不起作用，因为我安装了软件包，而这些代码行中断了 knit 功能。当我删除包含安装包的所有行（并使用可用的最新 R 和 R Markdown）时，此错误消失了。

knitr文档中的install.packages失败：“试图在不设置镜像的情况下使用CRAN”

3 个答案: