我是vegan
和ggplot
的新手,我在vegan
中绘制了一个物种多样性图。 Ggplot
有更好的图表,所以我想知道这些代码是否可以修改为ggplot
代码。
非常感谢任何帮助。我在bray
中使用vegan
。
library(vegan)
library(mass)
data <- read.table("data.txt", header = T)
attach(data)
rownames(data) <- c("TCI1", "TCI2", "TCI3", "TCII1", "TCII2", "TCII3", "TCIII1", "TCIII2", "TCIII3", "TCIV1", "TCIV2", "TCIV3",
"NCI1", "NCI2", "NCI3", "NCII1", "NCII2", "NCII3", "NCIII1", "NCIII2", "NCIII3", "NCIV1", "NCIV2", "NCIV3","TFI1", "TFI2", "TFI3", "TFII1", "TFII2", "TFII3", "TFIII1", "TFIII2", "TFIII3", "TFIV1", "TFIV2", "TFIV3",
"NFI1", "NFI2", "NFI3", "NFII1", "NFII2", "NFII3", "NFIII1", "NFIII2", "NFIII3", "NFIV1", "NFIV2", "NFIV3")
bcdist <- vegdist(data, "bray")
bcmds <- isoMDS(bcdist, k = 2)
plot(bcmds$points, type = "n", xlab = "", ylab = "")
text(bcmds$points, dimnames(data)[[1]])
答案 0 :(得分:0)
你确实可以创建一个看起来像imgur图像的情节。首先,我为您的杂草创建了一些补充数据。然后我打电话给ggplot2
并将杂草名称放在这些点上,但使得这些点变得透明。
x <- seq(from = -1, to = 1, .025)
df <- data.frame(valuesX = sample(x, size = 48, replace = TRUE),
valuesY = sample(x, size = 48, replace = TRUE),
seeds = c("TCI1", "TCI2", "TCI3", "TCII1", "TCII2", "TCII3", "TCIII1", "TCIII2", "TCIII3", "TCIV1", "TCIV2", "TCIV3",
"NCI1", "NCI2", "NCI3", "NCII1", "NCII2", "NCII3", "NCIII1", "NCIII2", "NCIII3", "NCIV1", "NCIV2", "NCIV3","TFI1", "TFI2", "TFI3", "TFII1", "TFII2", "TFII3", "TFIII1", "TFIII2", "TFIII3", "TFIV1", "TFIV2", "TFIV3",
"NFI1", "NFI2", "NFI3", "NFII1", "NFII2", "NFII3", "NFIII1", "NFIII2", "NFIII3", "NFIV1", "NFIV2", "NFIV3")
)
ggplot(df, aes(x = valuesX, y = valuesY)) +
geom_point(colour = "transparent") +
geom_text(data = df, aes(label = seeds), hjust = 1.5) +
theme_bw() +
labs(x = "Your axis label", y = "", title = "Weed Distribution") +
theme(axis.ticks= element_blank()) +
theme(plot.title = element_text(face = "bold", size = 12))
您可以根据需要调整绘图的所有元素。