Question

我正在使用dssp Programm进行二级结构分析。它创建一个具有不同字符串的Vector，可以将其解释为辅助结构。

例如：＆＃34; ＆＃34; ＆＃34; ＆＃34;，＆＃34; S＆＃34;，＆＃34; H＆＃34;，＆＃34; H＆＃34;，＆＃34; H＆＃34;，＆＃34; H＆＃34;，＆＃34; ＆＃34;，＆＃34; S＆＃34;，＆＃34; ＆＃34;，＆＃34; T＆＃34;，＆＃34; T＆＃34;，＆＃34; ＆＃34;，＆＃34; ＆＃34;，＆＃34; S＆＃34;，＆＃34; ＆＃34;

我对我的MD模拟的不同帧进行了dssp分析，现在想要显示每个残差在某个帧中属于哪种二级结构（根据dssp）。

我已经拥有一个包含信息的数据框（列以Residue命名，后面是Rows）例如

           Res1 Res2 Res3 Res4
 Frame 1      H   T     B   "" 

 Frame 1001   H   H     S   ""

 Frame 2001   H   H     S   ""

英语不是我的母语，所以我觉得很难找到合适的词语来从搜索引擎那里获得帮助。

我认为应该可以使用ggplot2，但我是R和ggplot2中的血腥初学者

Answer 1

从您的数据中，dat。首先，我们需要重新安排它：

library(tidyr)
library(dplyr)
library(ggplot2)

dat <- dat %>% add_rownames("row") %>%
               gather(var, val, -row)

您的数据现在应该如下：

Source: local data frame [12 x 3]

          row    var   val
        (chr) (fctr) (chr)
1     Frame 1   Res1     H
2  Frame 1001   Res1     H
3  Frame 2001   Res1     H
4     Frame 1   Res2     T
5  Frame 1001   Res2     H
6  Frame 2001   Res2     H
7     Frame 1   Res3     B
8  Frame 1001   Res3     S
9  Frame 2001   Res3     S
10    Frame 1   Res4    NA
11 Frame 1001   Res4    NA
12 Frame 2001   Res4    NA

现在我们可以绘制：

ggplot(dat, aes(x = factor(row), y = factor(val), group = var, col = var)) + 
    geom_line()

您可能希望手动为val订购因子，您可以更改levels参数中的顺序。在此之后重新运行plot factor {/ 1>}周围的val

dat$val <- factor(dat$val, levels = c(NA, "S", "B", "H", "T"))

我想在y轴和多行上创建一个带有字符串的图

1 个答案: