Question

我正试图找到一种估算数据中重新捕获概率的方法。以下是直接来自R

中的 FSA 包的示例

library(FSA)    
## First example -- capture histories summarized with capHistSum()
data(CutthroatAL)
ch1 <- capHistSum(CutthroatAL,cols2use=-1)  # ignore first column of fish ID
ex1 <- mrOpen(ch1)
summary(ex1)
summary(ex1,verbose=TRUE)
confint(ex1)
confint(ex1,verbose=TRUE)

如果您输入summary(ex1,verbose=TRUE)，您将获得此结果

# Observables:
#      m   n   R   r  z
# i=1  0  89  89  26 NA
# i=2 22 352 352  96  4
# i=3 94 292 292  51  6
# i=4 41 233 233  46 16
# i=5 58 259 259 100  4
# i=6 99 370 370  99  5
# i=7 91 290 290  44 13
# i=8 52 134 134  13  5
# i=9 18 140   0  NA NA

# Estimates (phi.se includes sampling and individual variability):
#         M M.se     N  N.se   phi phi.se     B  B.se
# i=1    NA   NA    NA    NA 0.411  0.088    NA    NA
# i=2  36.6  6.4 561.1 117.9 0.349  0.045 198.6  48.2
# i=3 127.8 13.4 394.2  44.2 0.370  0.071 526.3 119.7
# i=4 120.7 20.8 672.2 138.8 0.218  0.031 154.1  30.2
# i=5  68.3  4.1 301.0  21.8 0.437  0.041 304.7  25.4
# i=6 117.5  7.3 436.1  30.3 0.451  0.069 357.2  61.2
# i=7 175.1 24.6 553.7  84.3 0.268  0.072 106.9  36.2
# i=8 100.2 24.7 255.3  65.4    NA     NA    NA    NA
# i=9    NA   NA    NA    NA    NA     NA    NA    NA

由于“Observables”不在列表中，我无法自动提取数字。有可能吗？

我有相同类型的数据集，但输出不会显示重新捕获的概率。我有一个开放的人口。这就是为什么我尝试使用这个包。

以下是典型数据集的外观：

head(CutthroatAL)
#  id y1998 y1999 y2000 y2001 y2002 y2003 y2004 y2005 y2006
# 1  1     0     0     0     0     0     0     0     0     1
# 2  2     0     0     0     0     0     0     0     0     1
# 3  3     0     0     0     0     0     0     0     0     1
# 4  4     0     0     0     0     0     0     0     0     1
# 5  5     0     0     0     0     0     0     0     0     1
# 6  6     0     0     0     0     0     0     0     0     1

我还尝试了包 mra 及其 F.cjs.estim（）函数。但是，我没有生存信息......

我在 RCapture 中找不到允许我打印捕获概率的任何函数。

我正在尝试查找本书第38页Handbook of Capture-Recapture Analysis的信息pj。

我在 RMark 包中找不到。

那么我如何估计R中的重新捕获概率呢？

谢谢，

Answer 1

如果您只想捕获摘要中的“Observable”值，则可以按照函数的相同方式执行此操作。如果您查看FSA:::summary.mrOpen的来源，可以看到您可以使用

获取这些值

ex1$df[, c("m", "n", "R", "r", "z")]

如何获得R中的重新捕获概率（使用哪个包）？

1 个答案: