Question

我正在构建一个基于此paper第5页的线性问题的玩具数据集，以便使用插入符号的RFE + SVM和rbf内核来测试特征选择。但是，当RFE完成时，我会在每次bootstrap迭代时收到警告，并显示以下消息：＆＃34;在data.row.names（row.names，rowsi，i）中：某些row.names重复：＆＃34;后跟许多行号，直到输出被截断。

这是因为引导程序可能正在选择带有替换的样本，因此会复制引导数据中的行，或者是否存在其他问题？任何建议表示赞赏（请原谅人工数据集的懒惰实现）。

library(caret)

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# 1. Building dataset
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set.seed(1)
n.samples <- 500
y <- round(runif(n = n.samples, min=0, max=1))
data <- matrix(nrow=n.samples, ncol=202)

for(i in 1:n.samples){
  toss <- runif(n=1, min=0, max=1)
  if(toss <= 0.7) {
    for(j in 1:3){
      data[i,j] <- y[i]*rnorm(n = 1, mean = i, sd = 1)
    }

    for(j in 4:6){
      data[i,j] <- rnorm(n = 1, mean = 0, sd = 1)
    }
  } else {
    for(j in 1:3){
      data[i,j] <- rnorm(n=1, mean=0, sd=1)
    }

    for(j in 4:6){
      data[i,j] <- y[i]*rnorm(n=1, mean=i-3, sd = 1) 
    }
  }

  for(j in 7:202){
    data[i,j] <- rnorm(n = 1, mean = 0, sd = 20)
  }
}

colnames(data) <- c(paste("s", 1:6, sep = ""), paste('ns', 7:202, sep=''))
rownames(data) <- paste('sample', 1:n.samples, sep='')

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# 2. Perform SVM - RFE
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set.seed(1)

rfe.control.settings <- rfeControl(functions = caretFuncs,
                                   method = 'boot',
                                   number = 30,
                                   verbose = TRUE)

svm.fit <- rfe(x=data, 
               y=y,
               sizes=c(1,2,3,4),
               rfeControl = rfe.control.settings,
               method = 'svmRadial') #passing options to train / caretFuncs

Answer 1

我遇到了同样的问题，为我修复的问题是将数据类从matrix更改为data.frame。

插入符号：＆＃34;某些row.names重复＆＃34;使用RFE时发出警告

1 个答案: