Question

我想用deSolve创建蝴蝶生态学的动态模型。模拟在几个模拟年份运行，一些事件由一年中的某一天触发（因此我添加了一个days状态变量。为了触发那些我想使用ifelse语句的事件并且它工作正常，直到我尝试在ifelse语句中放入涉及另一个状态变量的操作：D.egg.sus=(ifelse(days<270,(400 * adult.sus),0))。当我这样做时，模拟会运行，但它似乎忽略了ifelse语句。有人可以帮我吗？这是我的完整代码：

days        = 1
egg.sus     = 0
larvae.sus  = 0 
pupae.sus   = 0 
adult.sus   = 1000

state = c(days = days, egg.sus=egg.sus, larvae.sus=larvae.sus,      
pupae.sus=pupae.sus, adult.sus=adult.sus)
model = function(t, state, parameters)
{ 
    with(as.list(c(state, parameters)), 
         {
    D.Days = 1
    D.egg.sus     =
        ( ifelse(days<270, (400*adult.sus) ,0))  ## This is the line causing trouble
        (- egg.sus/5) 
        (-  egg.sus * rbeta(1, 6.038892/5,1.4612593)*.95)                                                                                     
    D.larvae.sus  =
        (+ egg.sus/5) 
        (- larvae.sus * rbeta(1, 0.248531/14,0.2094379)*0.95)
        (- larvae.sus/14)                                                              
    D.pupae.sus   =  
        (+ larvae.sus/14)
        (- pupae.sus * rbeta(1, 0.022011/15, 1.43503))
        (- pupae.sus/15) 
    D.adult.sus   = 
        (+ pupae.sus/15) 
        (- adult.sus/30) 

    list(c( D.Days, D.egg.sus, D.larvae.sus,D.pupae.sus, D.adult.sus))
}
)}

events <- data.frame(var    = c('days'),
                 time   = seq(364,73000,by=365) ,
                 value  = 0,
                 method = "rep")

require(deSolve)

times = seq(1,900, by = 1) 
out = ode(y=state, times = times, func = model, parms = parameters,  events = list(data=events))

dev.cur()
plot(out, col = 2)

Answer 1

问题中的模型有几个问题：

您可以直接使用仿真时间而不是状态变量 days，因为函数中的仿真时间以 t 给出。然后只需使用模运算符 %%，您就不再需要事件了。
参数都是硬编码的，因此在 ode 函数中使用 parms=NULL。
换行符是错误的。 R 会在（且仅当）它们在语法上不完整时继续行。因此，删除过时的括号，例如，将 - 运算符在行尾。
使用随机数，例如ODE 函数中的 rgamma 是一个非常糟糕的主意，尤其是对于具有自动时间步长的求解器。根据定义，ODE 是确定性的。人们可以考虑使用固定时间步长求解器，例如method="euler"使用非常小的时间步长或（更好）提供随机值作为外部输入（强制）。
如果您使用外部输入，则无论如何都可以避免使用 ifelse。

deSolve中的ifelse语句不起作用

1 个答案: