在为数百万个文件循环命令的同时重新启动超级计算机的作业？

Question

我使用的是使用着名的#PBS的超级计算机。我的上台时间是48小时，这还不足以处理数百万个文件。

我的文件名如下：

AAAAAA.pdb 
DAAAAA.pdb 
EAAAAA.pdb 
FAAAAA.pdb 
...

所有可能的字母都是＆＃34; A D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y＆＃34;。

我想使用这样的脚本：

for file in /dir/*
do
  cmd [option] $file >> results.out
done

但我必须使用重启时间。有了数字，我会放一个计数器，但有特定的字母，我不知道如何写这个最后的文件从这个checkpoink开始。喜欢：

if [ -f next.seq ]; then
  seq=`cat next.seq`
else
...
    for file in /dir/seq
    do
      cmd [option] $file >> results.out
    done
...
let seq=seq+1
echo $seq > next.seq