myfile.py

Question

我正在学习如何使用超级计算机来充分利用资源。假设我有一个python脚本，它将创建一个给定随机数的文本文件。

myfile.py

y = z + x == 25
x = z == 20

这将在本地计算机中仅创建一个文本文件有什么办法可以使用这个程序的多个实例，使用多个节点并获得多个输出？

我在C程序中得到了mpiexec的模板，看起来像这样，但我找不到任何python程序的模板。

# Imports
import random,os

outdir = 'outputs'
if not os.path.exists(outdir):
    os.makedirs(outdir)

with open (outdir+'/temp.txt','w') as f :
    a = random.randint(0,9)
    f.write(str(a))

注意：在使用多个核心的单个节点上，我可以像这样写一个bash脚本：

#PBS -N my_job
#PBS -l walltime=0:10:00
#PBS -l nodes=4:ppn=12
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR

mpicc -O2 mpi-hello.c -o mpi-hello

cp $PBS_O_WORKDIR/* $PFSDIR
cd $PFSDIR

mpiexec ./mpi-hello

cp $PFSDIR/* $PBS_O_WORKDIR

但我想利用不同的节点 必填项： outputs / out1.txt，out2.txt，out3.txt等

以下是一些相关链接：
https://www.osc.edu/sites/osc.edu/files/documentation/Batch%20Training%20-%2020150312%20-%20OSC.pdf
https://www.osc.edu/~kmanalo/multithreadedsubmission

Answer 1

看一下这个链接，它可以解决你的问题

http://materials.jeremybejarano.com/MPIwithPython/introMPI.html

所以你的代码可能是这样的：

from mpi4py import MPI
import random,os

outdir = 'outputs'
comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

if not os.path.exists(outdir):
    os.makedirs(outdir)

with open (outdir+'/temp%s.txt' % rank,'w') as f :
    a = random.randint(0,9)
    f.write(str(a))

和pbs文件：

#!/bin/bash
################################################################################
#PBS -N myfile.py
#PBS -l nodes=7:ppn=4
#PBS -l walltime=30:30:00:00
#PBS -m bea
##PBS -M mail@mail.mail
###############################################################################

cores=$(awk 'END {print NR}' $PBS_NODEFILE)
mpirun -np $cores python myfile.py

超级计算机：在超级计算机中运行的程序的简单示例

myfile.py

1 个答案: