在Anaconda Jupyter笔记本中为RKernel指定R库路径

时间:2015-10-30 18:08:56

标签: r windows anaconda

首先让我在免责声明的前提下,我是R的新手,但是长期的Python高级用户。鉴于我喜欢conda生态系统和Jupyter笔记本,我也试图将它们设置为我的R开发环境。

所以使用下面的说明:https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r我已经设置了一个Jupyter Notbook,它使用的RKernel应该安装在我的Anaconda文件夹中的R安装(无论如何我想。)

设置它很容易,一切都适用于标准R的东西,但我的分析需要一些R-essentials频道中没有的R库。没问题,我想我知道如何安装R库。我转到“C:\ Anaconda \ R \ _bin \ x64 \ Rgui.exe”并安装rgdal,dismo和其他一些软件包。为了检查我的工作,我查看了C:\ Anaconda \ R \ library,他们在那里。

但是当我从Anaconda命令提示符下运行一个jupyter笔记本时。并启动一个新的R笔记本我得到一个“库中的错误(dismo):没有名为'dismo'的软件包”等一下,我从笔记本运行一个“.libPaths()”它看起来像它指向

2 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您可以在笔记本开头的代码单元格中添加.libPaths('path_where_your_packages_are'),告诉jupyter您的软件包在哪里。对我来说是.libPaths('~/R/win-library/3.2')(来自于在github上提交this issue的discnerd的解决方法)。

要查找包的路径,只需在R中安装一个随机包,然后等待打印到控制台的位置。

更多细节(可能特定于我的系统/安装):在R中运行.libPaths()时,我有两个位置:一个位置需要管理员权限才能写入,另一个位置不需要管理员权限写作。虽然通过R land安装的软件包位于不需要管理员权限的位置,但jupyter会查看需要管理员权限的位置。

答案 1 :(得分:0)

我想把它添加为评论,但显然我没有得到信任。

无论如何,您可以使用installed.packages()

找到图书馆的路径
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