Question

对于模糊的措辞感到抱歉，这就是问题所在。由于我昨天得到了一些帮助，我得到了一个快速运行的查询（4秒）：

// polypeptide domain, protein HMM match and polypeptide (fast)
MATCH (pd:PolypeptideDomain) WITH pd LIMIT 5
MATCH (phm:ProteinHmmMatch)
WHERE (phm)-[:PART_OF]->(pd)
MATCH (p:Polypeptide)
WHERE (phm)-[:PART_OF]->(p)
RETURN phm,pd,p

这种方法运行速度很快，因为我选择了5个多肽结构域，之后，相关蛋白HMM匹配和多肽很快被发现。

所以，我只是想添加与多肽相关的mRNA - 它是一对一的关系，每个mRNA都链接一个且只有一个多肽，所以我认为额外的匹配会快点这是我写的：

// polypeptide domain, protein hmm match, polypeptide and mRNA (blows up)
MATCH (pd:PolypeptideDomain) WITH pd LIMIT 5
MATCH (phm:ProteinHmmMatch)
WHERE (phm)-[:PART_OF]->(pd)
MATCH (p:Polypeptide)
WHERE (phm)-[:PART_OF]->(p)
MATCH (m:mRNA)
WHERE (p)-[:TRANSLATION_OF]->(m)
RETURN phm,pd,p,m

此查询永远不会返回。我再次完全神秘化了。我不能为我的生活找出如何简单地添加查询工作。

Answer 1

我认为它越来越失控，因为对于每个MATCH结果，它都试图找到每个其他MATCH结果的每个组合。

此外，除非您遇到更复杂的逻辑（如WHERE），否则不应在NOT(<match syntax)子句中使用模式匹配。怎么样？

MATCH (pd:PolypeptideDomain) WITH pd LIMIT 5
MATCH (phm:ProteinHmmMatch)-[:PART_OF]->(pd)
WITH pd, phm
MATCH (phm)-[:PART_OF]->(p:Polypeptide)
WITH pd, phm, p
MATCH (p)-[:TRANSLATION_OF]->(m:mRNA)
RETURN phm,pd,p,m

如果其中任何一个涉及多个关系，您可以在collect WITH中WITH pd, collect(phm)进行MATCH (pd:PolypeptideDomain) WITH pd LIMIT 5 MATCH (pd)<-[:PART_OF]-(phm:ProteinHmmMatch)-[:PART_OF]->(p:Polypeptide)-[:TRANSLATION_OF]->(m:mRNA) RETURN phm,pd,p,m。

看看你的比赛，看起来你似乎可以逃脱这个：

    #include <SPI.h>
    #include <Ethernet.h>
    #include <SD.h>

    byte mac[] = { 0xAA, 0xAA, 0xAA, 0xAA, 0xAB, 0xAD };
    IPAddress ip(10, 20, 7, 75);
    EthernetServer server(80);
    boolean LED_status = 0;
    File webFile;
    String HTTP_req;
    int first = 0;

    void setup() {
      Ethernet.begin(mac, ip);
      server.begin();
      Serial.begin(9600);

      Serial.println("Initializing SD card...");
      if(!SD.begin(4)) {
        Serial.println("ERROR - SD card initialization failed!");
        return;
      }
      Serial.println("SUCCESS - SD card initialized.");
      if(!SD.exists("index.htm")) {
        Serial.println("ERROR - Can't find index.htm file!");
        return;
      }
      Serial.println("SUCCESS - Found index.htm file.");
    }

    void loop () {
      EthernetClient client = server.available();
      if(client) {
        Serial.println("Connected to client");
        boolean currentLineIsBlank = true;
        while (client.connected()) {
  if(client.available()) {
    char c = client.read();
    Serial.print(c);
    delay(1);
      HTTP_req = HTTP_req + c;
    delay(5);
    if(c == '\n' && currentLineIsBlank) {
      Serial.println("HTTP_req inside if");
      Serial.println(HTTP_req);
      client.println("HTTP/1.1 200 OK");
      client.println("Content-Type: text/html");
      client.println("Connection: close");
      client.println();

      if(first == 0) {
        webFile = SD.open("index.htm");
        Serial.println("First if block: Attempted to open index.htm");
        Serial.print("webFile: ");
        Serial.println(webFile);
        if(webFile) {
          Serial.println("First if block: Successfully opened index.htm");
          while(webFile.available()) {
            client.write(webFile.read());
          }
          webFile.close();
        }
        first++;
      }
      else {
        if (HTTP_req.indexOf("LED2=2") > -1) {
          Serial.println("LED2=2 found");
          if (LED_status) {
            LED_status = 0;
            digitalWrite(2, LOW);
            webFile = SD.open("index.htm");
            Serial.println("Block to turn off led: index.htm attempted");
            if(webFile) {
              Serial.println("index sudo unchecked HTML opened");
              while (webFile.available()) {
                client.write(webFile.read());
              }
              webFile.close();
            }
          }
          else {
            LED_status = 1;
            digitalWrite(2, HIGH);
            webFile = SD.open("checked.htm");
            Serial.println("Block to turn on led: checked.htm attempted");
            if(webFile) {
              Serial.println("Checked HTML opened");
              while (webFile.available()) {
                client.write(webFile.read());
              }
              webFile.close();
            }
          }
        }
        else {
          Serial.println("Not Clicked?");
        }
      }
        Serial.println("This is HTTP_req:");
        Serial.println(HTTP_req);
        HTTP_req = "";
        break;
    }
    if (c == '\n') {
      currentLineIsBlank = true;
    }
    else if (c != '\r') {
      currentLineIsBlank = false;
    }

  }
}
delay(1);
client.stop();
      }
    }

同样，如果两者之间存在许多关系，那么您的数据将会被解除标准化。

为什么在查询中添加另一个标签会大幅减慢它？

1 个答案: