Question

我一直在爱丁堡大学的计算和数据设施中安装来自tar.gz类型文件的R软件包，这是一个通过SSH访问的高性能计算集群。登录后，我可以安装文件，如下例所示：

install.packages("/exports/work/eng_AntonyHydroData/Pkges/DEoptim_2.2-3.tar.gz",rpeo=NULL,target="source")

大约有40个软件包，其中38个没有问题，但有两个软件失败：RGEOS（rgeos_0.3-14.tar.gz）和RGDAL（rgdal_1.0-7.tar.gz）。

失败的原因如下：

Installing package into '/exports/work/eng_AntonyHydroData/library'
(as 'lib' is unspecified)
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package 'rgdal' ...
** package 'rgdal' successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: CC: gcc -std=gnu99
configure: CXX: g++
configure: rgdal: 1.0-5
checking for /usr/bin/svnversion... yes
configure: svn revision: 559
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'

请注意，RGEOS提供了相同的原因，即缺少gdal-config。

我已经浏览了网络并找到了这个问题的各种答案，主要建议使用命令＆＃39; sudo＆＃39;安装libgeos-dev或类似的东西。或者＆＃39; apt-get＆＃39;但是这些命令都不被计算集群系统识别。

非常感谢任何帮助RGEOS和RGDAL工作的帮助。

安东尼

Answer 1

我设法通过首先安装geos-3.5.0.tar.bz2包并发出以下linux命令来解决这个问题：

tar xjvf geos-3.5.0.tar.bz2
cd geos-3.5.0
./configure --help
mkdir /exports/work/....
./configure --help,
./configure --prefix=eng_A... --enable-python
make
make check
make install

和rgdal相似

Answer 2

我不确定如何设置HPC系统，但是正如前面的注释所暗示的，您需要安装/加载“ geos”。我正在使用的系统使用“模块”命令加载程序，因此我使用“模块可用”来查找“ geos”在系统上的位置，以便您加载它。

这是另一个系统的示例：http://docs.hpc.shef.ac.uk/en/latest/iceberg/software/apps/r.html

如何在R大学高性能计算系统上安装rgdal和rgeos包？

2 个答案: