Question

我查看了多个来源，以弄清楚如何以与Anaconda Navigator一起使用的方式在Mac OS X High Sierra上安装rgeos和rgdal。我之所以提到Anaconda，是因为我希望能够构建特定于静态项目的静态包环境，以确保从属包更改后，我的项目从现在起6个月可以正常工作。我已经在其他两台计算机上成功安装并使用了rgeos和rgdal，但是在新计算机上似乎出现了问题。我想从Anaconda Navigator的RStudio启动Shiny应用程序。下面列出的我发现的所有解决方案均无效：

根据上述消息来源以及我在处理一系列错误消息时进展缓慢，我尝试了以下操作：

从http://www.kyngchaos.com/software/frameworks安装GDAL 2.2完成[30.0 MiB] 2018-3-10。这将安装GDAL，GEOS，PROJ，SQLite和UnixImageIO框架。

以上已安装，没有错误信息。但是尝试安装rgeos时出现错误消息：

configure: error: geos-config not found or not executable.

因此，安装失败但没有通知我，或者出现了某种$PATH问题（？）。在博客上，有人建议针对以下问题执行以下操作：

brew install geos

以上成功完成。因此，我进入RStudio并尝试了以下方法，该方法解决了以前的错误，但产生了一个新错误：

install.packages（“〜/ Downloads / rgeos_0.3-28.tar.gz”，存储库= NULL，类型=“源”）

安装 source 软件包“ rgeos” ... 配置：CC：x86_64-apple-darwin13.4.0-clang 配置：CXX：x86_64-apple-darwin13.4.0-clang ++ 配置：rgeos：0.3-28 检查/ usr / bin / svnversion ...是 cat：inst / SVN_VERSION：没有这样的文件或目录配置：svn修订版：检查geos-config ... / usr / local / bin / geos-config 正在检查geos-config可用性...是配置：GEOS版本：3.6.2 检查geos版本至少是3.2.0 ...是正在检查geos-config clibs ...是检查geos_c.h存在和可用性...否配置：错误：在标准位置或给定位置找不到geos_c.h。错误：软件包“ rgeos”的配置失败删除“ / Users / aloha2018 / anaconda2 / lib / R / library / rgeos” install.packages中的警告：软件包“ /Users/aloha2018/Downloads/rgeos_0.3-28.tar.gz”的安装退出状态为非零

有关下一步尝试的任何想法？

自然，我已经在Anaconda Navigator启动的RStudio应用程序中进行过尝试：

install.packages("rgeos") install.packages("rgdal")

均来自CRAN和tar.gz。但是似乎无法找到名为geos_c.h的文件，该文件确实存在于我的计算机上，位于：

/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3B/Headers/geos_c.h

是否可以告诉RStudio在包含该文件的目录中查找，以便我的rgeos和rgdal安装能够正常工作？我应该遇到其他错误吗？如果是，该如何避免/解决这些错误？

我也在终端窗口中尝试过：

conda install -c conda-forge r-rgdal

但是在花了很长时间尝试“解决环境”之后失败了：

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda install -c conda-forge r-rgdal 
Solving environment: failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - r-rgdal
  - rstudio==1.1.423
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

所以我尝试：

conda r-rgdal

但是没有输出：

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda info r-rgdal
Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$

Answer 1

我遇到了类似的问题。我首先通过使用以下environment.yml配置使用conda安装所有内容来解决了该问题

name: london-crime-r
channels:
   - conda-forge
   - conda
dependencies:
   - gdal
   - geos
   - r-base
   - r-rcpp
   - r-irkernel
   - r-mass
   - r-dplyr
   - r-rgdal
   - r-rgeos
   - r-raster
   - rstudio

但是，在更新conda之后，解决依赖关系并没有在10小时内完成，所以我走了传统路线：

使用brew安装geos和gdal。在我的计算机上构建需要40分钟。

brew install geos gdal

一旦完成，请按此顺序安装R软件包。

install.packages('sp', type='source')

install.packages("rgeos", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgeos)

install.packages("rgdal", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgdal)

随后，下面的软件包可以使用简单的install。

libraries <- c("rgdal",
               "rgeos",
               "raster",
               "spdep",
               "spatstat")
install.packages(libraries)

在Mac OS X High Sierra上安装rgeos和rgdal时出现问题

1 个答案: