Question

我知道有一些类似的问题，特别是这一个： How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning? 坦率地说，答案对我来说有点压倒性，因为我对R设置/安装等不太熟悉。我尝试了一些解决方案，但还没有让它工作。

我想要做的是从这里安装一些bioconductor包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 例如＆＃34; CNVPanelizer＆＃34;，但我收到以下错误消息：

> biocLite("CNVPanelizer")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1.
Installing package(s) 'CNVPanelizer'
Old packages: 'PSCBS', 'rgl'
Update all/some/none? [a/s/n]: #--- I tried 'a' and 'n', neither working
Warning message:
package ‘CNVPanelizer’ is not available (for R version 3.2.1) #--- this is the error message I got, as shown in my topic title

对于bioconductor / dnacopy网页中的所有包，我收到了相同的错误消息。

任何人都有一个简单的解决方案？一步一步的指导将受到高度赞赏！

TIA

尝试在此澄清（以回答下面的评论）我试过了两个＆＃34; a＆＃34;和＆＃34; n＆＃34;当被问及＆＃34;更新全部/部分/无？ [A / S / N]：＆＃34 ;.两者都不起作用。

> library("CNVPanelizer")
Error in library("CNVPanelizer") :
there is no package called ‘CNVPanelizer’

如何安装旧版Bioconductor？我同时谷歌... 感谢。

更新：我尝试升级R，Bioconductor，biocinstaller。这适用于此页面上列出的某些包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 比如exomeCopy。一些安装有警告;一些有错误，例如CNVPanelizer。一个常见错误是

 Old packages: 'rgl'

我看到了这个＆＃39; rgl＆＃39;在我升级R / Bioconductor之前。有时我会看到消息说删除＆＃39; rgl＆＃39;和＆＃39; rgl＆＃39;重新安装。不知道这个＆＃39; rgl＆＃39;事情是......

Answer 1

您正在运行Bioconductor 3.1但是根据landing page for CNVPanelizer，它是在Bioconductor 3.2中引入的。所以你应该升级：

library(BiocInstaller)
biocLite("BiocUpgrade")

然后你应该可以安装CNVPanelizer：

biocLite("CNVPanelizer")

实际上，在升级之后，您应该通过调用biocLite()而无需参数来升级所有现有软件包。

Bioconductor DNACopy包xxx不可用（对于R版本3.2.1）

1 个答案: