Question

我对这个旧程序有疑问。我以前有linux版本谁运作良好，但我需要一些原因的Windows版本，从来没有工作过。虽然它基于java，但只有起始脚本似乎有所不同，基于软件创建者所说的内容首先，我遇到了

的问题

ECHO -mode       Wise2 running mode [wing|global|both]

带来了＆＃34;＆＃39;全球＆＃39;不是公认的内部命令或程序＆＃34;。所以我看了一下它并将其改为字符串作为管道似乎运作良好。

但是现在它根本没有启动，而在最后有一个运行％和一些输出文件之前。我想到了 SET SHARKHOME =％~p0 和％~dp0到位，但没有运气。

我改变了类路径硬编码部分中斜杠的方向（\ to / /那是回复％sharkhome％给我回来的东西，完成了最后的斜杠c：/ user / 我再没有运气，但试图压制％sharkhome％和硬编码目录之间的斜线（所以％sharkhome％java而不是％sharkhome％/ java或％sharkhome％\ java）但没有运气。

我坚持这个。为什么这不起作用，拜托？

@ECHO OFF

REM #############################
REM  SHARKhunt execution script #
REM  Windows version 28/2/06    #
REM #############################

SETLOCAL

REM get SHARKHOME from path of batch file
SET SHARKHOME=%~p0

REM # set classpath
SET CLASSPATH=%SHARKHOME%\java\sharkhunt1.0_win32.jar:%SHARKHOME%\java\jdom.jar:%SHARKHOME%\java\jakarta-regexp-1.2.jar

REM ############################################

REM # default directories
SET TMP=%CD%
SET PROFILES="%SHARKHOME%\priam_06_win32"
SET VER="priam_06"
SET BLASTHOME="%SHARKHOME%\blast"
SET WISEHOME="%SHARKHOME%\wise2"
SET OUTPUT=%CD%


REM # default options
SET EUK=true
SET BLASTCUT=1.0
SET LEEWAY=2000
SET MAXREGIONS=5
SET MODE=both
SET FINALCUT=0.1
SET XMX=2048M

REM ############################################


REM # check user options

IF NOT DEFINED %2 GOTO HELP
IF %1 == "-h" GOTO HELP
IF %1 == "--help" GOTO HELP
IF %1 == "-help" GOTO HELP

:LOOP

IF %1 == "-euk" (
SET EUK="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-blastcut" ( 
SET BLASTCUT="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-leeway" (
SET LEEWAY="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-maxregions" (
SET MAXREGIONS="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-mode" (
SET MODE="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-finalcut" (
SET FINALCUT="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-out" (
SET OUTPUT="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "-tmp" (
SET TMP="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "--profiles" (
SET PROFILES="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "--blasthome" 
SET BLASTHOME="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "--wisehome" (
SET WISEHOME="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)
IF %1 == "--Xmx" (
SET XMX="%2"
SHIFT
SHIFT
GOTO LOOP
)

SET DATA=%1
SET GENOME=%2

IF %EUK% == "f" SET EUK=false
IF %EUK% == "F" SET EUK=false
IF %EUK% == "FALSE" SET EUK=false
IF %EUK% == "t" SET EUK=true
IF %EUK% == "T" SET EUK=true
IF %EUK% == "TRUE" SET EUK=true

SET BLASTMAT="%BLASTHOME%\data"

REM # run SharkHunt
START java -Xmx$XMX -cp %CLASSPATH% -Dshark.tempdir=%TMP% -Dshark.eukaryote=%EUK% -Dshark.genomepath=%DATA% -Dshark.profiles=%PROFILES% -Dshark.blasthome=%BLASTHOME% -Dshark.wisehome=%WISEHOME% -Dshark.output=%OUTPUT% -Dshark.maxregions=%MAXREGIONS% -Dshark.wisemode=%MODE% -Dshark.cutoff=%BLASTCUT% -Dshark.maxsig=%FINALCUT% -Dshark.leeway=%LEEWAY% -Dshark.wisemode=%MODE% -Dshark.profiles_version=%VER% sharkhunt.SharkHunt %GENOME%

PAUSE

ENDLOCAL

EXIT

:HELP

ECHO usage: $progname [options] genome_path genome_id
ECHO
ECHO options:
ECHO -euk        Eukaryotic genome [T/F]
ECHO "            (default=%EUK%)"
ECHO -leeway     No. of bases to extract each side of BLAST hit [integer]
ECHO "            (default=%LEEWAY%)"
ECHO -blastcut   Cutoff E-value for initial BLAST search [real]
ECHO "            (default=%BLASTCUT%)"
ECHO -maxregions No. of best BLAST regions to take forward to Wise2 search [integer]
ECHO "            (default=%MAXREGIONS%)"
ECHO -mode       Wise2 running mode [String]
ECHO "            (default=%MODE%)"
ECHO -finalcut   Final E-value cutoff [real]
ECHO "            (default=%FINALCUT%)"
ECHO -tmp        Directory for working files [string]
ECHO "            (default=%TMP%)"
ECHO -out        Output directory [string]
ECHO "            (default=%OUTPUT%)"
ECHO
ECHO advanced options:
ECHO --profiles  Specify profile directory [String]
ECHO "            (default=%PROFILES%)"
ECHO --blasthome Specify BLAST directory [String]
ECHO "            (default=%BLASTHOME%)"
ECHO --wisehome  Specify Wise2 directory [String]
ECHO "            (default=%WISEHOME%)"
ECHO --Xmx       Specify JVM size [String]
ECHO "            (default=%XMX%)"

Answer 1

只有一些评论和提示：

Escape all cmd poisonous characters使用
- ^一般转义字符：ECHO [wing^|global^|both]
- 或"双引号如下：
  SET "PROFILES=%SHARKHOME%\priam_06_win32"
  echo "%PROFILES%"
（化妆品）echo(显示空行而不是ECHO is off消息
使用SET "BLASTMAT=%BLASTHOME%\data"然后使用-Dshark.blasthome="%BLASTHOME%"而不是SET BLASTMAT="%BLASTHOME%\data"，然后使用-Dshark.blasthome=%BLASTHOME%（注意并考虑双引号位置）
检查参数是否已提供给当前脚本用而宁 IF "%~2"=="" GOTO HELP代替IF NOT DEFINED %2 GOTO HELP作为最后一种表示法可能导致测试变量%GOTO%存在：if not defined GOTO help，请参阅if /?
根据Command Line arguments (Parameters)和IF command更改某些测试，例如IF /I "%~1" == "-h" GOTO HELP

代码段示例：

IF /I "%~1" == "-help" GOTO HELP

:LOOP

IF /I "%~1" == "-euk" (
    SET "EUK=%~2"
    SHIFT
    SHIFT
    GOTO LOOP
)

另一个代码段示例（请注意，操作start command仅由echo显示以用于调试目的;保持˙echo˙直到调试;另请注意""中的start "" something不是一个错误）：

SET "DATA=%~1"
SET "GENOME=%~2"

SET "EUK=true"
IF /I "%EUK%" == "f" SET EUK=false
IF /I "%EUK%" == "FALSE" SET EUK=false

SET "BLASTMAT=%BLASTHOME%\data"

REM # run SharkHunt
echo START "" java -Xmx %XMX% -cp %CLASSPATH% -Dshark.tempdir="%TMP%" -Dshark.eukaryote=%EUK% -Dshark.genomepath=%DATA% -Dshark.profiles=%PROFILES% -Dshark.blasthome=%BLASTHOME% -Dshark.wisehome=%WISEHOME% -Dshark.output=%OUTPUT% -Dshark.maxregions=%MAXREGIONS% -Dshark.wisemode=%MODE% -Dshark.cutoff=%BLASTCUT% -Dshark.maxsig=%FINALCUT% -Dshark.leeway=%LEEWAY% -Dshark.wisemode=%MODE% -Dshark.profiles_version=%VER% sharkhunt.SharkHunt %GENOME%

PAUSE

最后，请注意我的回答仅涉及批处理脚本实践，而不是 java ！

为什么这个批处理文件一无所

1 个答案: