Question

我在一个文件夹中有30个fastq文件，我想知道在哪个文件中我可以找到一个特定的适配器（所以我可以找出它实际上是哪个样本）。

我写了一个很小的biopython脚本，但它只允许我一次查看一个文件，我想同时计算每个文件的出现次数。有人可以帮我改进脚本吗？

 from Bio import SeqIO
 adaptor = (rec for rec in \
                SeqIO.parse("file.fastq", "fastq") \
                if rec.seq.startswith("TGA"))`
    count = SeqIO.write(adaptor, "adaptor.fastq", "fastq")
    print("Saved %i adaptor" % count)

Answer 1

from Bio import SeqIO
fnames = ["file.fastq", "file1.fastq", "file2.fastq"]
for fname in fnames:
    adaptor = (rec for rec in \
                    SeqIO.parse(fname, "fastq") \
                    if rec.seq.startswith("TGA"))
    count = SeqIO.write(adaptor, "adaptor.fastq", "fastq")
    print("Saved %i adaptor in file %s" %(count, fname))

计算多个fasta文件中的出现适配器

1 个答案: