Question

我正在根据http://docs.h5py.org/en/latest/build.html上的教程安装h5py 安装成功。但是，测试失败了，

python setup.py test

我明白了：

running test
running build_py
running build_ext
Summary of the h5py configuration
Path to HDF5: '/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.13/cray/83/'
HDF5 Version: '1.8.13'
MPI Enabled: True
Rebuild Required: False

Executing cythonize()
Traceback (most recent call last):
File "setup.py", line 140, in <module>
cmdclass = CMDCLASS,
File "/python/2.7.9/lib/python2.7/distutils/core.py", line 151, in setup    
dist.run_commands()
File "/python/2.7.9/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands    
self.run_command(cmd)
File "/python/2.7.9/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command    
cmd_obj.run()
File "setup.py", line 68, in run 
import h5py
File "/h5py-2.5.0/build/lib.linux-x86_64-2.7/h5py/__init__.py", line 13, in <module>
from . import _errors
**ImportError:** /opt/cray/lib64/libmpichf90_cray.so.3: undefined symbol: iso_c_binding_

看起来像cython无法找到共享库，我该如何附加？感谢。

Answer 1

（编辑为并行构建）

我使用以下内容在Cray XC30（ARCHER：http://programmingtipsandtraps.blogspot.co.at/2015/10/drag-and-drop-in-treetableview-with.html）上工作：

module swap PrgEnv-cray PrgEnv-gnu
module load cray-hdf5-parallel
export CRAYPE_LINK_TYPE=dynamic
export CC=cc

ARCHER在计算节点上有Python环境的特定模块，链接到numpy等高性能版本（参见：http://www.archer.ac.uk）所以我也加载了这些（这可能不适用于你的Cray系统，ARCHER＆＃39;案例mpi4py已经包含在 python-compute 安装中）：

module load python-compute
module load pc-numpy

最后，我添加了我将用于h5py的自定义安装位置到PYTHONPATH

export PYTHONPATH=/path/to/h5py/install/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH

现在我可以建立：

python setup.py configure --mpi
python setup.py install --prefix=/path/to/h5py/install
...lots of output...

现在，在前端节点上运行测试会失败，但是如果您尝试在登录/服务节点上启动MPI代码，我希望在Cray XC上看到错误消息（无法初始化通信通道，登录/服务节点未连接到高性能网络，因此无法运行MPI代码）。这告诉我，如果它在计算节点上运行，测试可能会有效。

> python setup.py test
running test
running build_py
running build_ext
Autodetected HDF5 1.8.13
********************************************************************************
                   Summary of the h5py configuration

Path to HDF5: '/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.13/GNU/49'
HDF5 Version: '1.8.13'
 MPI Enabled: True
Rebuild Required: False

********************************************************************************
Executing cythonize()
[Thu Oct 22 19:53:01 2015] [unknown] Fatal error in PMPI_Init_thread: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(547): 
MPID_Init(203).......: channel initialization failed
MPID_Init(579).......:  PMI2 init failed: 1 
Aborted

要正确测试，您必须使用 aprun 提交在计算节点上启动并行Python脚本的作业。我不认为内置测试框架会很容易，因为它可能希望MPI启动器被称为 mpiexec （就像在标准集群上一样），因此您可能需要编写自己的测试。另一种选择是强制setup.py以某种方式使用aprun。

通过setup.py安装H5py，未定义的符号：iso_c_binding_

1 个答案: