Biopython系统发生树在SVG文件中编辑标签

Question

我尝试使用python库Biopython和Phylo.draw（）将全长标签放入我的系统发育树中。

我导入了我的newick文件格式，我绘制它，然后保存它：

from Bio import Phylo
import pylab
f = 'path/to/my/file'
tree = Phylo.read(file, 'newick')
tree.ladderize()
Phylo.draw(tree, do_show=False)
pylab.axis("off")
pylab.savefig("tree2.svg",format='svg', bbox_inches='tight', dpi=300)

但问题是Phylo.draw将标签切成40个字母的标签。

我可以用这个组合显示全长标签：

for leaf in tree.get_terminals(): 
    print leaf.name

我看到了代码源，我看了文档，我没有找到这个函数如何剪切长标签，或者如何用全长标签替换剪切标签，我看到它们是选项{{1} }  或label_func=str但我不知道如何使用它。

您可以将数据粘贴到文本文件中进行测试：

branch_labels=None

编辑： 评论后我编辑标题，将“png”替换为“svg”，隐藏轴 并添加图片。

Answer 1

你快到了！您需要指定label_func参数，这是一个函数。像这样：

from Bio import Phylo
import pylab

def get_label(leaf):
    return leaf.name

f = 'path/to/my/file'
tree = Phylo.read(f, 'newick')
tree.ladderize()
Phylo.draw(tree, label_func=get_label, do_show=False)
pylab.axis('off')
pylab.savefig('tree2.svg',format='svg', bbox_inches='tight', dpi=300)