Question

我正在使用独立的BLAST程序，我有一个查询序列以及本地创建的数据库。作为输出文件，有一个名为％identity的东西，用于识别确切的字符匹配，是否有办法添加％相似的列？任何帮助将非常感激。

Answer 1

我假设您正在使用BLAST +，而％相似性则表示％正评分匹配。有一个名为ppos的格式说明符将返回％正评分匹配。此值与您在网上完成的BLAST上看到的Positives值相匹配。

以下是一个示例命令行：

blastp -query protein.fa -db proteindb -outfmt '6 std ppos'

前12个字段将是查询名称，主题名称等的std输出。第13个字段将是％正面评分匹配。