Question

我是一名刚刚开始学习R的数学专业的学生，我真的可以使用任何有文化知识的人的帮助！

我正在构建一个闪亮的应用程序来模拟概率进化行为（作为马尔可夫过程）。可以看到（在展示模式下）：

https://amohseni.shinyapps.io/Moran-Process

问题：该应用的模拟部分抛出了2个我没想到的错误。它们如下：

当人口规模N很小（N <10）时，它经常（但并不总是）抛出

Error: in sample.int(length(x), size, replace, prob) : 
  incorrect number of probabilities

当人口规模N很大（N> 100）时，它经常（但并不总是）抛出

Error: in sample.int(length(x), size, replace, prob) : 
  non-positive probability

您可以通过将人口滑块设置为max（200）或min（0）来复制此错误，然后反复单击“模拟单个人口”（在左侧边栏中），直到出现错误。在收到错误之前，您可能需要多次单击它。

似乎问题可能源于此部分代码：

    MPM.sim <- function(t, MPM, πNought) { 
# The simulation function takes as arguments: duration t, the MPM matrix of transition probabilities, and some initial condition πNought
      sim <- as.numeric(t)
      if (missing(πNought)) { # If the initial state is not specified
        sim[1] <- (sample(1:(N+1),1) - 1) # Then take a random initial state 
      }else{sim[1]<-πNought} # If the initial state is specified, start from that state.
      for(i in 2:t){ # For each step of the simulation after the initial state,
        newstate <- sample(1:(N+1),1,prob=MPM[sim[i-1],]) # The transition to the next state is given by the transition matrix MPM.
        sim[i] <- newstate
      } 
      sim 
    }

我非常感谢有关如何解决此问题的任何帮助或建议！

Answer 1

解决方案是：

对于偶尔发生在大群体中的错误（N> 100） - 转换概率的归一化术语已经消失！更换它解决了这个问题。
对于偶然发生在小群体中的错误（N <10） - 在采样函数中存在索引误差。我重新标记了用于采样转换概率的转换矩阵的行和列，然后（错误地）认为我可以通过新名称引用行。从0开始计算会计解决问题。

再次感谢@ eipi10的宝贵帮助。

进化动力学的闪亮应用：模拟错误？

1 个答案: