如何使用GenomicRanges按间隔覆盖率的百分比查找重叠

时间:2015-09-26 18:19:49

标签: r iranges

我有两个数据框,一个有两个(或更多)个体(用sampleID表示),由TEST表示,另一个只有3个列,名为REF

我想根据REF的{​​{1}}列与TEST的相应(按顺序)列之间的重叠,将"chr","start","end"添加到REF上:TEST

我希望重叠的定义是为了使"Chromosome","Start","End"间隔与REF间隔重叠,它必须覆盖TEST间隔的> 50%。

我一直在玩GenomicRanges。但是,TEST函数只允许我将findOverlap指定为重叠位置的数量,而不是所覆盖间隔的一小部分。那么,使用GenomicRanges,我该怎么做?

一些示例输入:

minOverlap

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