Question

有没有人知道如何使用cmprisk包中的cominc函数到ggplot2包？

我收到此错误消息：

不知道如何自动选择cuminc类型对象的比例。   违约持续    - as.data.frame.default（x [[i]]，optional = TRUE，stringsAsFactors = stringsAsFactors）中的错误：kan ikke tvinge klasse   »“cuminc”«ind i en data.frame


ggplot2不知道如何处理类cuminc的数据

我找到了一个分割cuminc功能的功能，这样你就可以在同一个情节中绘制个别原因而不是两个原因：

cs.cuminc <- function(x,cause="1"){
  if (!is.null(x$Tests)) 
    x <- x[names(x) != "Tests"]
  which.out <- which(unlist(strsplit(names(x), " "))[seq(2,length(names(x))*2,2)]!=cause)
  x[which.out] <- NULL
  class(x) <- "cuminc"
  return(x)
}

这提供了一条带有两条曲线的图 - stil ggplot2无法处理该函数。

Answer 1

将数据从cuminc结构移动到数据帧，然后使用ggplot geom_step（）：

ciplot <- function(c, title = "Cumulative incidence", xlim = -1, ylim = 1, ...)
{
  nc <- length(c)
  d <- data.frame()
  strata <- names(c)
  for (i in 1:nc) {
        d <- rbind(d, data.frame(time = c[[i]]$time, est = c[[i]]$est, var = c[[i]]$var, strat = strata[i]))
  }
  if (xlim == -1) xlim = max(d$time)
  ggplot(d, aes(time, est, col = strat)) + geom_step(size = 1) + ylim(0, 1) + xlim(0, xlim) + 
    ggtitle(title)
}

如何使用ggplot2拟合cuminc功能

1 个答案: