树形图边缘（分支）颜色匹配尖端（叶子）颜色（猿包装）

Question

我正在尝试使用ape包中的plot.phylo命令为R中的系统发育类型图的边（线）添加颜色。这个例子是一个“粉丝”类型的情节，虽然我希望这种方法与“phylogram类型”或其他类似。

library('ape')
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(as.phylo(hc), type="fan")

将tip.color选项与cutree命令结合使用，可以根据一组组向tip（标签）添加颜色没有问题。

hc.cuts <- cutree(hc, k=5)
plot(as.phylo(hc), type="fan", tip.color=rainbow(5)[hc.cuts])

edge.color选项定义边缘的颜色，但在需要许多颜色时不以logincal方式。

plot(as.phylo(hc), type="fan", tip.color=rainbow(5)[hc.cuts], edge.color=rainbow(5)[hc.cuts])

然而，一旦树形图的分支指向给定组，我希望边缘匹配终端尖端颜色。在给出的例子中，朝向红色＆amp;蓝色组，边缘的第一层将保持黑色（因为它朝向两组：红色和蓝色），但超出此范围的边缘将与最终的尖端颜色相同。

我怀疑关键在于找出as.phylo对象中$ edge值的顺序，但我自己无法想象。感谢。

Answer 1

正如@maj在评论中建议的那样，如果您不介意使用该软件包，dendextend可以帮助您。它非常灵活，拥有广泛的文档和插图。

这是一个最低限度改编自dendextend FAQ的例子。

# install.packages("dendextend")
# install.packages("circlize")

library(dendextend)
library(circlize)

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend <- as.dendrogram(hc)

num_clades <- 5

dend <- dend %>% 
  color_branches(k=num_clades, col=rainbow) %>% 
  color_labels(k=num_clades, col=rainbow)

par(mar = rep(0, 4))
circlize_dendrogram(dend, dend_track_height = 0.8) 

输出