Question

我有一个包含3,000个网络的列表。对于它们中的每一个，我需要计算其属性“att”== 1的变量之间的密度。我已经尝试了几个选项，这是我的最终代码（我只是试验3个网络）。主要问题是某些网络不包含“att”== 1的任何更改。由于get.inducedSubgraph对这些情况不起作用，我试图消除它们。但是，我仍然收到错误消息。尝试不同的选项在我看来，当我在网络中只有两个更改并且彼此没有链接（密度= 0）时，消息会出现。那可能吗？否则，我正在犯哪个错误？

m1 <- matrix(rbinom(25,1,.4),5,5)
diag(m1) <- 0
g1 <- network(m1)
set.vertex.attribute(g1,"att",as.character(rep(0:1,dim(m1)[1])))

m2 <- matrix(rbinom(36,1,.4),6,6)
diag(m2) <- 0
g2 <- network(m2)
set.vertex.attribute(g2,"att",as.character(rep(0:1,dim(m2)[1])))

m3 <- matrix(rbinom(36,1,.4),6,6)
diag(m3) <- 0
g3 <- network(m3)
set.vertex.attribute(g3,"att",as.character(rep(0,dim(m2)[1]))) 

net.list=list(g1,g2,g3)

size=vector()
for(i in 1:length(net.list))
size[[i]]=sum(get.vertex.attribute(net.list[[i]], "att")=="1")
size
[1] 2 3 0

density=vector()
for(i in 1:length(net.list))
density[[i]]=ifelse(size[[i]]>1, gden(get.inducedSubgraph(net.list[[i]],v=which(net.list[[i]]%v%"att"=="1"))), NA)

Error in `[<-`(`*tmp*`, nal, 3, value = NA) : subscript out of bounds

Answer 1

看起来问题是您将size和density变量创建为向量，然后尝试使用列表表示法[[]]而不是向量表示法{{1}对其进行索引}

按如下方式更改代码对我有用：

[]

仅供参考，如果您为数千个网络执行此操作，使用size=vector() for(i in 1:length(net.list)) size[i]=sum(get.vertex.attribute(net.list[[i]], "att")=="1") size [1] 2 3 0 density=vector() for(i in 1:length(net.list)) density[i]=ifelse(size[i]>1, gden(get.inducedSubgraph(net.list[[i]],v=which(net.list[[i]]%v%"att"=="1"))), NA)或lapply语法而不是sapply循环可能更有效。即。

for

孤立的get.inducedSubgraph改变

1 个答案: