Question

我的数据框看起来像：

         ID     ref alt refN altN
  Chr1_1369       G   T  351  165
 Chr1_54979       G   A  130  309
Chr1_187626       C   G  319  219
Chr1_196254       C   G  171  364
Chr1_224569       C   T  463   90
Chr1_275670       T   C  271  262
Chr1_305245       A   C  246  285
Chr1_313716       T   C  505   51

＆＃34; refN＆＃34;列是＆＃34; ref＆＃34;和＆＃34; altN＆＃34;的列数。是＆＃34; alt＆＃34;的计数数字。柱。我想创建另外两列来保存＆＃34; ref＆＃34;的主要和次要元素（加倍）。或＆＃34; alt＆＃34;，分别取决于＆＃34; refN＆＃34;之间的比较。和＆＃34; altN＆＃34;。＆＃34; ref＆＃34;中相应的双重元素或＆＃34; alt＆＃34;将被放入＆＃34; major＆＃34;如果列中的值为＆＃34; refN＆＃34;或＆＃34; altN＆＃34;更大，而较小的将被放入＆＃34; minor＆＃34;。在这种情况下，预期结果是：

         ID     ref alt refN altN  major minor
  Chr1_1369       G   T  351  165   GG    TT
 Chr1_54979       G   A  130  309   AA    GG
Chr1_187626       C   G  319  219   CC    GG
Chr1_196254       C   G  171  364   GG    CC
Chr1_224569       C   T  463   90   CC    TT
Chr1_275670       T   C  271  262   TT    CC
Chr1_305245       A   C  246  285   CC    AA
Chr1_313716       T   C  505   51   TT    CC

Answer 1

您可以使用ifelse选择正确的加倍版本：

dat$major <- ifelse(dat$refN >= dat$altN, paste0(dat$ref, dat$ref), paste0(dat$alt, dat$alt))
dat$minor <- ifelse(dat$refN < dat$altN, paste0(dat$ref, dat$ref), paste0(dat$alt, dat$alt))
dat
#            ID ref alt refN altN major minor
# 1   Chr1_1369   G   T  351  165    GG    TT
# 2  Chr1_54979   G   A  130  309    AA    GG
# 3 Chr1_187626   C   G  319  219    CC    GG
# 4 Chr1_196254   C   G  171  364    GG    CC
# 5 Chr1_224569   C   T  463   90    CC    TT
# 6 Chr1_275670   T   C  271  262    TT    CC
# 7 Chr1_305245   A   C  246  285    CC    AA
# 8 Chr1_313716   T   C  505   51    TT    CC

如何在r中的数据框中查找主要和次要元素

1 个答案: