Question

我遵循此处列出的协议：http://microscopy.duke.edu/HOWTO/countfoci.html

我使用的命令包含在下面。

我的问题是我正在处理大量图像（25k x 17k像素），有时我会得到准确的值，但有时候我会得到下面的内容。通过结果表（并通过RawIntDen / 255来获得核焦点的实际数量），突出显示的簇有大约60,000个核！ ......通过快速视觉检查可以看出情况并非如此。

知道为什么会这样或者我能做些什么呢？

我已尝试在测量之前立即重新对图像进行二值化处理。那不行。无论我是手动执行命令还是通过宏执行命令，都会遇到此问题。还有其他想法吗？

提前致谢。

链接到图片：https://www.dropbox.com/s/b7p6wkijf5smlpy/photo%20aug%2009%2C%204%2054%2021%20pm.jpg?dl=0

       run("8-bit");
       run("Auto Threshold", "method=Triangle white setthreshold show");
       run("Convert to Mask");
       run("Fill Holes");
       run("Dilate");
       run("Dilate");
       run("Analyze Particles...", "size=50-Infinity display clear summarize add in_situ");
       wait(30000);
       run("Revert");
       run("Find Maxima...", "noise=7 output=[Single Points] exclude");
       run("ROI Manager...");
       roiManager("Show None");
       roiManager("Show All");
       run("Set Measurements...", "area mean min integrated redirect=None decimal=3");
       roiManager("Measure");
       wait(30000);
       roiManager("Save", path + ".zip");
       saveAs("Results", path + ".xls");
               close();

Answer 1

你的照片在像素方面似乎相当大。您定义的粒径为＆＃34; 50 - 无穷大＆＃34;。我认为这太小了，尝试大于50的东西。希望能解决问题。

P.S。：我们也尝试使用这种算法来处理类似的问题，也许这会帮助你：http://focinator.oeck.de/。

计算imagej中的核焦点 - 得到奇怪的结果

1 个答案: