Question

我正在编写一个ImageJ宏来迭代.lsm共聚焦显微镜图像的文件夹，从每个显示一个Z项目，将两个通道组合成红色和绿色，并保存为RGB图像。该代码适用于一个目录，但现在它引发的错误与getFileList的文件名有关。

以下是代码的相关部分：

dir1 = getDirectory("Choose Source Directory ");
format = getFormat();
dir2 = getDirectory("Choose Destination Directory ");
list = getFileList(dir1);
setBatchMode(true);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
    showProgress(i+1, list.length);
    open(dir1+list[i]);
    run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
    run("Split Channels");
    run("Merge Channels...", "c1=C1-MAX_" + list[i] + " c2=C2-MAX_" + list[i]);
    saveAs(format, dir2 + list[i]);
    close();
}

必须将"C1-MAX_"附加到输入字符串，因为在调用Z项目和拆分频道期间，这些前缀会添加到图像名称中。

作为参考，文件的名称看起来像Negative 1 5x.lsm，Negative 2 5x.lsm，Positive 1 5x.lsm等。基于这些文件名，我希望ImageJ使用字符串调用Merge Channels命令＆＃34; C1-MAX_Negative 1 5x.lsm＆＃34;和＆＃34; C2-MAX_Negative 1 5x.lsm＆＃34;。

相反，我收到错误消息＆＃34; C1-MAX_Negative＆＃34;不是＆＃34; C1（红色）：＆＃34;

的有效选择

我不明白为什么ImageJ试图用字符串＆＃34; C1-MAX_Negative＆＃34;来调用合并频道。而不是＆＃34; C1-MAX_Negative 1 5x.lsm＆＃34;。为什么我没有list[i]返回我认为它应该的东西？

Answer 1

可能是因为文件名中的空格。尝试将名称放在方括号中：

run("Merge Channels...", "c1=[C1-MAX_" + list[i] + "] c2=[C2-MAX_" + list[i] + "]");

ImageJ宏中的奇怪文件名导入行为

1 个答案: