我有很多tiff文件,我想用python将它们组合成一个z-stack。单个文件包含我想要保存的元数据(在我的情况下为OME),特别是有关z切片的信息。或者,我想在z-stack的元数据中插入一个z-stack(而不是例如时间推移。我需要这个用于在ImageJ中使用Bioformats正确打开堆栈)。
我可以使用例如制作z-stack tifffile.py,阅读单个文件,如下例所示:
img1 = tifffile.imread(path_to_img1)
img2 = tifffile.imread(path_to_img2)
zstack = np.zeros((2, img1.shape[0], img1.shape[1]))
zstack[0] = img1
zstack[1] = img2
tifffile.imsave(path, zstack)
我还可以使用tifffile.TiffFile
阅读单个元数据信息。
但是,我看不到如何为每个切片附加元数据。 Tifffile可以选择添加额外的标签(包括标签ID 270,图像描述),但我不明白如何将其应用于每个单独的切片。另一方面,tifffile.TiffFile对象没有写入方法。
我不仅限于tifffile并且还试图使用PIL,但没有成功。