Question

我很擅长使用R.我正在使用两个因素（交互）运行ANOVA并取得成功。接下来我想在小组比较之间进行。我知道这可以使用TukeyHSD命令。但是，我们的研究小组之前使用SigmaPlot运行统计数据，该统计数据使用Holm-Sidak方法。因此，我的主管希望我在R上运行Holm-Sidak，以便我们可以比较结果并确保它们相同。

有谁知道怎么做？我尝试过在线搜索，但无法找到答案。似乎我需要输入未调整的p值，以便我可以运行一些代码并返回调整后的p值，但我对这些未调整的p值应该来自何处感到困惑。它们是来自先成对运行吗？

我很感激任何指导。

Answer 1

来自Pierre Legendre的代码对R中的ANOVA执行Holm-Šidák调整：

Sidak <- function(vecP)
#
# This function corrects a vector of probabilities for multiple testing
# using the Bonferroni (1935) and Sidak (1967) corrections.
#
# References: Bonferroni (1935), Sidak (1967), Wright (1992).
#
# Bonferroni, C. E. 1935. Il calcolo delle assicurazioni su gruppi di teste. 
# Pp. 13-60 in: Studi in onore del Professore Salvatore Ortu Carboni. Roma.
#
# Sidak, Z. 1967. Rectangular confidence regions for the means of multivariate 
# normal distributions. Journal of the American Statistical Association 62:626-633.
#
# Wright, S. P. 1992. Adjusted P-values for simultaneous inference. 
# Biometrics 48: 1005-1013. 
#
#                  Pierre Legendre, May 2007
{
k = length(vecP)

vecPB = 0
vecPS = 0

for(i in 1:k) {
   bonf = vecP[i]*k
   if(bonf > 1) bonf=1
   vecPB = c(vecPB, bonf)
   vecPS = c(vecPS, (1-(1-vecP[i])^k))
   }
#
return(list(OriginalP=vecP, BonfP=vecPB[-1], SidakP=vecPS[-1]))
}

或者，您可以使用包dunn.test。它会对您想要的类型进行多次比较，但是在等级总和上，并且可以选择使用"method = sidak"进行Holm-Šidák调整。

用R调整Holm sidak

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