具有不同切片数量的两个卷的图像配准

Question

我正在尝试从大脑（PET和CT甚至PET和MR）注册两个体积图像。这些体积图像中的每一个包含不同数量的2D图像（切片）。 例如，Ember.ObjectController 包含CT个切片，150包含PET个切片。我正在考虑使用插值方法来计算并将CT切片的数量减少到100.这是正确的方法吗？有谁知道任何可能对我有帮助的资源？像伪代码，或我应该通过注册两个体积图像的步骤。 谢谢:)）

Answer 1

如果您知道150个CT切片和100个PET切片的间距信息，您可以查看MATLAB的interp1函数，以便沿一个轴进行插值，将图像重新缩放到相同的像素数。从这里可以使用MATLAB的imregister来执行注册。

如果您希望了解注册工作的方式（在像素和物理坐标之间进行转换，转换/重新采样图像等），我可以指导您的一个资源是ITK Software Guide pdf。

特别是，请尝试阅读有关图像表示的第1册第4.1.4节（pdf第41页）和第2章第3.9节（pdf第532页）。

通常，在注册时使用3D图像进行变换和插值的问题对于编写代码来说可能非常麻烦。你需要问问自己像素的间距和方向，如何变换和插入图像以使它们的网格重叠，还需要在评估相似性度量时决定如何处理网格中位于图像边界之外的像素

虽然由你自己做你认为最好的事情，但我建议你使用现有的注册程序，如果他们能够做你想做的事情：

• MATLAB的imregister（我从未使用过它，因此我无法发表评论）
• simpleITK for Python
• the ITK for C++有学习曲线但可以完全控制注册过程
• elastix是一个命令行程序，它使用参数的文本文件来执行注册。
• 3D slicer具有用于简单线性注册的图形用户界面