Question

我想使用python（或可能是R）将ARACNE的邻接矩阵输出转换为csv文件。

设置adj文件以显示一个基因，一个与其他基因的相互作用。例如：

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

如上所述，A和B相互作用，相互作用的价值为0.4。 A和C相互作用，值为0.3，依此类推。

我想改变布局，所以我得到......

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

基本上我想要一个所有交互节点和相应值的列表，以便我可以将文件上传到Cytoscape并绘制网络。

Answer 1

使用csv模块 -

执行此操作的简单方法

import csv
with open('<inputfile>','r') as f , open('<outputfile>','w') as of:
    reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
    writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
    for lines in reader:
            key = lines.pop(0)
            for i in range(0,len(lines),2):
                    writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

示例/演示 -

我的a.csv -

A B 0.4 C 0.3
B C 0.1 E 0.4
C D 0.2 E 0.3

代码 -

>>> import csv
>>> with open('a.csv','r') as f , open('b.csv','w') as of:
...     reader = csv.reader(f, delimiter=' ')
...     writer = csv.writer(of, delimiter=' ')
...     for lines in reader:
...             key = lines.pop(0)
...             for i in range(0,len(lines),2):
...                     writer.writerow([key, lines[i], lines[i+1]])

b.csv -

中的输出

A B 0.4
A C 0.3
B C 0.1
B E 0.4
C D 0.2
C E 0.3

将邻接矩阵转换为csv文件

1 个答案: