Question

环顾四周，我无法找到一个使用libsvm和Java的好方法，我还有一些未解决的问题：

1）可以只使用libsvm或者我也必须使用weka？如果有的话，有什么区别？

2）使用String类型数据时，如何将训练集作为字符串传递？我正在使用matlab来解决类似的蛋白质分类问题，在那里我只是给了机器没有问题的字符串。有没有办法在Java中做到这一点？

这是我在matlab中所做的一个不完整的例子（它有效）：

[~,posTrain] = fastaread('dataset/1.25.1.3_d1ilk__.pos-train.seq');
[~,posTest] = fastaread('dataset/1.25.1.3_d1ilk__.pos-test.seq');
trainKernel = spectrumKernel(trainData,k);
testKernel =  spectrumKernel(testData,k);
trainKf =[(1:length(trainData))', trainKernel];
testKf = [(1:length(testData))', testKernel];
disp('custom');
model = libsvmtrain(trainLabel,trainKf,'-t 4');
[~, accuracy, ~] = libsvmpredict(testLabel,testKf,model)

正如你所看到的，我以fasta格式读取文件并将它们提供给libsvm但是java的libsvm看起来像是想要一个名为Node的由double构成的东西。我所做的是从String中获取byte []然后将它们转换为Double。这是对的吗？

3）如何使用自定义内核？我找到了这行代码

 KernelManager.setCustomKernel(custom_kernel);

但我的libsvm.jar我找不到。我必须使用哪个lib？

对于多个问题感到抱歉，我希望您能简要介绍一下这里发生了什么。感谢。

Answer 1

请注意，我已将LIBSVM用于MATLAB，但不是用于Java。我只能回答问题1，但希望这仍有帮助：

绝对可以只使用libsvm，代码位于：https://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/。请注意，jlibsvm是libsvm的一个端口，它似乎更易于使用，并且更适合Java。据我所知，weka只有一个运行libsvm的包装类（它甚至需要libsvm.jar），尽管我主要基于它：https://weka.wikispaces.com/LibSVM。

在Java中使用libsvm进行字符串分类

1 个答案: