Question

我已经编写了一个脚本来运行某些生物信息学工作的程序，但是当我尝试运行它时程序没有运行，因为下面的多个样本的bash是代码，并尝试用qsub运行它，因为我们是这样的在做qlogin之后，我们可以在我们的Debian集群中运行代码。如果有人能让我知道我哪里出错了。

#!/bin/sh
#$ -S /bin/bash

SAILFISH_INDEX=/scratch/GT/genomes/Homo_sapiens/NCBI_spiked/GRCh38/Sequence/sailfishIndexes
floc=/data/GT/pgermain/wbs/rnaseq/raw/lieber.dec2013
OUT_DIR=/scratch/GT/benchmark/QT/sailfish

tf="\n%E elapsed,\n%U user,\n%S system, \n %P CPU, \n%M max-mem footprint in KB, \n%t avg-mem footprint in KB, \n%K Average total (data+stack+text) memory,\n%F major page faults, \n%I file system inputs by the process, \n%O file system outputs by the process, \n%r socket messages received, \n%s socket messages sent, \n%x status"

names="AJ81 
AJ82
AJ88
AJ89
AJ93
Sample_AJ83
Sample_AJ84
Sample_AJ86
Sample_AJ87
Sample_AJ90
Sample_AJ91
Sample_AJ92"

for s in $names; do
    echo "calling Sailfish quant on $s"
    /scratch/GT/softwares/time -f "$tf" LC_ALL=C sailfish quant -i $SAILFISH_INDEX -l "T=PE:O=><:S=U" -1 <(zcat $floc/$s/*R1*.fastq.gz) -2 <(zcat $floc/$s/*R2*.fastq.gz) -o $OUT_DIR/$s -p 8
    done

我无法使用qsub在linux集群中运行此脚本

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