计数寡核苷酸和反向互补

Question

我开始使用R，如果可能，我需要一些帮助。我需要读取fasta文件，并计算每个物种的频率，每个核苷酸，二核苷酸和长度为10的单词以及反向互补的频率。我正在使用Biostrings包。你能帮助我吗？谢谢

Answer 1

Bioconductor Biostring Manual包含一些非常符合您要求的描述性方法。他们还附上了一些例子。否则，您可以只读入FASTA文件并跟踪每个基数的数量（如果您无法找出BioString程序）。

对于频率，只需reading from a text file (FASTA after removing name sequences)即可。只要你计算每个寡核苷酸出现的数量。

我不确定你想要测量多少反向互补，如果你把数组大小为10的所有可能性放在一个阵列不会太大（我认为4 ^ 10？），因此，如果以逻辑方式将数据添加到数组中，您可以非常轻松地以算法方式对它们进行比较。