带有栅格预测器的GAM模型中的错误

时间:2015-07-13 21:51:19

标签: r raster gam mgcv

虽然在stackoverflow上已经讨论过这个问题,但我并不清楚如何解决我的具体案例

我有一个光栅文件,我读作:

prec<-raster("R:/rsrch/model/prec.tif")
summary(prec)
            prec
Min.         3.0
1st Qu.     52.0
Median     104.5
3rd Qu.    173.0
Max.      1850.0
NA's     19201.0

我的回答是存在与否(分别编码为1和0)(总共9674分)。我使用包gam构建了mgcv模型,如下所示:

mdl<-gam(species ~ s(prec), family=binomial)

当我运行它时,我收到以下错误:

 Error in model.frame.default(formula = species ~ 1 + prec,drop.unused.levels = TRUE): 
 invalid type (S4) for variable 'prec' 

我认为这个错误是由我的光栅中的NA引起的。如果删除NA,则网格总数等于存在不存在点的数量。我不知道现在该做什么:

我尝试过的一件事是:

prec1<-values(prec)[!is.na(values(prec))]

这从我的光栅中移除了NA,但是在我运行模型之后,它附带了一些非常有趣的图表,我完全肯定是错误的。当预测器是栅格并且响应是向量时,有关如何运行gam的任何建议。我在与我的栅格相同的投影中有响应的X Y坐标。谢谢您的帮助。

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