Question

我正在进行物种分布建模（生态位模型），我将模型投影到当前或未来的气候栅格（Bioclim变量）。

当我预测当前的栅格（object = bio_stack）时，一切正常，使用此代码：

#predict species current distribution using bio_stack
current_dist<-predict(object=bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_current_dist_17April2014", 
           na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text")

但是，当我预测未来的栅格（object=future_bio_stack）时，此代码不会产生结果：

#predict species future distribution using future_bio_stack
future_dist<-predict(object = future_bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_future_dist_17April2014", 
           fun=predict, na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text")

相反，我收到此警告消息：

In addition: Warning message:
In predict.gam(model, blockvals, ...) :
  not all required variables have been supplied in  newdata!

我投影的未来biostack图层在图像中看起来没问题，具有正常的最小值和最大值（我不能在没有声誉得分的情况下发布图像）。

但是，future_bio_stack的min和max值在摘要中看起来很奇怪，特别是与bio_stack相比。以下是每个堆栈的摘要，其中提供了最小值和最大值：

> future_bio_stack

class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 +no_defs 
names       : WC05future_clipped, WC06future_clipped, WC08future_clipped,     WC13future_clipped, WC15future_clipped 
min values  :             -32768,             -32768,                 -32768,             -32768,             -32768 
max values  :              32767,              32767,                  32767,              32767,              32767 

> bio_stack
class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
names       : WC05_clipped, WC06_clipped, WC08_clipped, WC13_clipped, WC15_clipped 
min values  :          -56,         -429,         -145,            7,            5 
max values  :          457,          100,          332,          767,          129

为什么bio_stack使用predict函数而future_bio_stack使用的任何想法都不是？

Answer 1

我在这里回答我自己的问题，正如我刚才想到的那样。

为了将经过训练的模型（使用bio_stack）投影到另一组栅格（例如，future_bio_stack），每个堆栈的列名必须相同。

我重命名了文件并重新堆叠了future_bio_stack的栅格，使其名称与bio_stack中的名称相同：

> bio5future<-raster("WC05_clipped.tif") 
> bio6future<-raster("WC06_clipped.tif")
> bio8future<-raster("WC08_clipped.tif")
> bio13future<-raster("WC13_clipped.tif")
> bio15future<-raster("WC15_clipped.tif")
> 
> future_bio_stack<-stack(bio5future, bio6future, bio8future,
> bio13future, bio15future)

然后我使用future_bio_stack作为我的对象重新运行预测函数，并且它有效。

在R中预测一个生物堆栈而不是另一个生物堆栈的问题

1 个答案: