用R

Question

我想使用ape包在R中绘制两个彼此相对的系统发育。一棵树有40个节点，一个有26个节点：

library(ape)
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

cophyloplot函数使用指定的链接面对面绘制。

我无法指定链接。

请注意，在我的实际nexus树文件中，提示标签是文本（如果需要，我不确定如何将这些更改为数字......）。

链接应如下：

如果在tree1 nexus文件中，序列的提示标签为1-40。在tree2 nexus文件中，提示标签为1-26。然后链接应该是：

a <- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40)
b <- c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21) 
association <- cbind(a, b)

（即tree1中的序列1与tree2中的序列14相关联）

所以，我使用这样的东西绘制树木：

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association,length.line=4, space=28, gap=10, rotate=TRUE)

并计算距离矩阵：

dist.topo(tree1, tree2, method = "PH85")

我不太确定我在哪里出错了。任何帮助，将不胜感激！

Answer 1

要绘制树木，请尝试此

library(ape)
set.seed(1)

# create trees
tree1 <- rtree(40)
tree2 <- rtree(26)

# modify tip labels
tree1$tip.label <- sub("t", "", tree1$tip.label, fixed = T)
tree2$tip.label <- sub("t", "", tree2$tip.label, fixed = T)

# create associations matrix 
a <- as.character(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40))
b <- as.character(c(14,1,4,1,9,12,2,10,6,3,13,5,14,15,18,19,19,7,14,9,10,11,25,22,21,16,23,24,26,17,1,12,12,21,15,16,21,8,20,21)) 
association <- cbind(a, b)

# plot
cophyloplot(tree1, tree2, assoc = association, length.line = 4, space = 28, gap = 3)

Answer 2

cophyloplot功能不需要提示标签索引。人们可以用他们的名字来指代分类群。请注意，lukeA的答案将关联中的数字存储为character。将它们转换为与提示标签对应的文本并绘制​​两棵树的结果显示相同的结果。

association <- apply(association, 2, function(x) sub("^","t", x))

head(association)
#      a    b    
# [1,] "t1" "t14"
# [2,] "t2" "t1" 
# [3,] "t3" "t4" 
# [4,] "t4" "t1" 
# [5,] "t5" "t9" 

cophyloplot(tree1, tree2, assoc=association, length.line=4, space=28, gap=3)

矩阵中列出关联的顺序无关紧要。最佳做法是使用read.table()从外部文件导入它们。