biopython的DSSP类是否给出氨基酸的相对溶剂可及性值？

Question

目前，我希望使用biopython的DSSP模块获得蛋白质中氨基酸的相对溶剂可及性。我不确定输出是否具有rsa（相对溶剂可及性）还是需要计算？任何帮助，将不胜感激。 谢谢。

Answer 1

简短回答：是的，确实如此。它输出每个残基类型的标准化。 https://github.com/biopython/biopython/blob/master/Bio/PDB/DSSP.py第44行

随着Sander＆amp; amp; Rost，（1994），Proteins，20：216-226指令。问题是，这对你来说足够了吗？它可能不是。 请注意，biopython代码不允许RSA＆gt; 1，什么是有道理的，但我会提出警告，而不是默默地限制数字。

还有其他一些规范化的方法。