对齐两个具有不同来源和大小的NIFTI文件？

Question

我有两个fMRI NIFTI（.nii）文件（一个感兴趣的区域（ROI）掩码和一个SPM T-contrast），我可以使用load_nii读入Matlab，给我两个结构。这些结构中的实际图像数据是不同的大小，并围绕不同的起源：

SPM = 79*95*69 voxels centered on [40, 57, 26]
ROI = 91*109*91 voxels centered on [46, 64, 37]

我需要对齐这两个矩阵，使ROI文件对应于对比文件的正确部分。我可以使用几个特定于NIFTI的函数（pad_nii添加零，clip_nii从任意/几个边删除值），但我不确定如何对齐两个坐标系。

Answer 1

解决。我使用pad_nii来调整EPI的原点对齐以匹配ROI的原点对齐。

epi_origin =            epi.hdr.hist.originator(1:3);
roi_origin =            roi.hdr.hist.originator(1:3);
origin_diffs =          roi_origin - epi_origin;

opt.pad_from_L =        origin_diffs(1);
opt.pad_from_P =        origin_diffs(2);
opt.pad_from_I =        origin_diffs(3);
epi =                   pad_nii(epi, opt);

我认为它只适用于MNI标准化数据，但它可以与功能定义的ROI和单独对齐的数据一起使用。