在二分图中检测r中的双生物

Question

我正在尝试在R中重新创建Biclique Communities方法（Lehmann, Schwartz, & Hansen, 2008），该方法依赖于Ka，b biclique的定义。下面的例子显示了两个相邻的K2,2 bicliques - 第一个集团是{A，B，1,2}，第二个集团是{B，C，2,3}。我希望能够使用R识别这些派系，以便我可以将其应用于更广泛的数据集。

到目前为止，我已将我的尝试纳入R中，我遇到了以下两个问题：

1. 如果我使用标准的walktrap.community，它会识别社区，但不允许集合{B，2}属于两个集团
2. 如果我使用更新的clique.community功能，这似乎无法识别派系或我无法正确理解（或两者兼有）

示例代码：

library(igraph)

clique.community <- function(graph, k) {
  clq <- cliques(graph, min=k, max=k)
  edges <- c()
  for (i in seq_along(clq)) {
    for (j in seq_along(clq)) {
      if ( length(unique(c(clq[[i]], clq[[j]]))) == k+1 ) {
        edges <- c(edges, c(i,j))
      }
    }
  }
  clq.graph <- simplify(graph(edges))
  V(clq.graph)$name <- seq_len(vcount(clq.graph))
  comps <- decompose.graph(clq.graph)

  lapply(comps, function(x) {
    unique(unlist(clq[ V(x)$name ]))
  })
}

users <- c('A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'C', 'C')
resources <- c(1, 2, 1, 2, 3, 2, 3)
cluster <- data.frame(users, resources)
matrix <- as.data.frame.matrix(table(cluster))

igraph <- graph.incidence(matrix)

clique.community(igraph, 2)
walktrap.community(igraph)

Answer 1

请注意，由于comb <- combn(vMode1, k)变得非常大，即使对于小（密集）图形和k，l值，上述解决方案也会变得非常低效。

在https://github.com/YupingLu/biclique开发的“biclique”包中可以找到更有效的解决方案。

Answer 2

我设法在Sisob workbench

中找到了这个脚本

clubs