Question

我正在研究涉及样本的2D投影的项目，我需要将其转换为横截面图像，然后堆叠每个横截面以获得3D图像。我使用Matlab进行模拟，但由于涉及大量数据集，因此处理时间非常长。我希望它显着减少。这是我的代码 -

 projection_length = 1600;


 images = cell(1,500);


 for i = 1:500
    fname= sprintf('pre%03d.tif', i);
    images{i} = imread(fname);
 end

 parfor q = 1:projection_length
   tmpData = zeros(1600, 500); 
   for i = 1:500
     fname= sprintf('pre%03d.tif', i);
     tmpData(:, i) = images{i}(1 : 1600, q, :);

     disp(['Analyzing projection ' num2str(q)  ' of ' num2str(projection_length) ', Angle ' num2str(i) '...']);
   end
   idata=255-tmpData;   
   H = iradon(idata, 0.72, 'Hann', 0.8, 1600 ); 
   postfname= sprintf('post%06d.tif', q);
   imwrite(H, postfname);

 end

我在开始时将所有图像加载到一个单元格中，因为我发现当我在循环中一次又一次地读取特定区域时，imread使用了大部分处理时间，但是因为图像很大而且图像变量也是在这种情况下，我的内存不足。对于1600左右的投影长度，我遇到一个序列化错误，表示 -

警告：在构建远程parfor代码期间捕获到错误。 parfor构造现在将在本地运行而不是在远程matlabpool上。最可能的原因是由于a而无法发送输入参数序列化错误。捕获错误的错误报告是：使用distcompserialize时出错序列化期间内存不足

distcomp.remoteparfor中的错误（第36行） obj.SerializedInitData = distcompMakeByteBufferHandle（distcompserialize（varargin））;

parallel_function中的错误（第437行） P = distcomp.remoteparfor（W，@ make_channel，parfor_C）;

Microfab_bead_reconstruction中的错误（第15行） parfor q = 1：projection_length

在450的parallel_function中

有没有办法解决这个问题，是否由于变量'images'的巨大内存导致并行使用时的通信开销？还有其他选择吗？我尝试使用分布式变量类，但后来我无法使用parfor。

Answer 1

您的代码的问题是，您正在使用broadcast variable TextBox，这意味着该变量被复制到每个工作者。而不是创建单元格数组，创建一个包含堆栈中所有图像的大型4-D matrx。如果您现在在parfor循环中使用image使用它，它返回parfor循环需要的所有数据，只有真正使用的部分tmp=images(:,:,q,:)被复制到每个worker。它现在是正确sliced variable。

parfor期间的序列化错误

1 个答案: