Question

我想使用install.packages("Rcpp")安装Rcpp，但失败了。错误消息：

* installing *source* package ‘Rcpp’ ...
** package ‘Rcpp’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Date.cpp -o Date.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Module.cpp -o Module.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c Rcpp_init.cpp -o Rcpp_init.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c api.cpp -o api.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c attributes.cpp -o attributes.o
g++ -I/usr/local/lib64/R/include -DNDEBUG -I../inst/include/ -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c barrier.cpp -o barrier.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o Rcpp.so Date.o Module.o Rcpp_init.o api.o attributes.o barrier.o
installing to /home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs/Rcpp.so':
 /home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp/libs/Rcpp.so: undefined symbol: _ZNSt15basic_streambufIcSt11char_traitsIcEE7seekoffExSt12_Ios_SeekdirSt13_Ios_Openmode
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/sethbrin/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/Rcpp’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp6PKB8N/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("Rcpp") :
installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status

然后我用

c++fit _ZNSt15basic_streambufIcSt11char_traitsIcEE7seekoffExSt12_Ios_SeekdirSt13_Ios_Openmode

std::basic_streambuf<char, std::char_traits<char> >::seekoff(long long, std::_Ios_Seekdir, std::_Ios_Openmode)

我已经为此寻找了一些解决方案。似乎是因为gcc版本。但我不知道如何更改R用于编译Rcpp包的gcc版本。

Answer 1

CRAN测试Rcpp就像其他任何（现在的）6700+套餐一样。

您可以看到aggregate test report，测试设置包括两台基于Fedora的计算机：

因此，您的问题可能是本地问题，或者仅仅是因为使用较旧的设置。在这种情况下，Archive section可让您访问旧版本。

Answer 2

我遇到过类似的问题。经过一些搜索，以下是改变编译器的解决方案：

<强> 1。如果您拥有root权限：

我发现R目录中的Makeconf文件实际上设置了编译所需的所有信息。

要找到它的路径，请在命令行中回显which R。

e.g。我喜欢： /data/apps/R/3.1.2/bin/R

然后文件在： /data/apps/R/3.1.2/lib64/R/etc/Makeconf

然后sudo编辑CC = XXX行上的文件，可能还有更多相对行。

问题解决了！

<强> 2。如果您只有本地用户权限。

将您自己的配置添加到~/.R/Makevars

但是，@ Dirk可能是对的。

对我来说，我最终通过将-Doff_t=__off_t添加到CFLAGS来解决了我的问题（我的问题是error: unknown type name 'off_t'）。当我手动更改编译器的部分时，我得到了暂停的错误......

R 3.1.0中的R Rcpp安装错误

2 个答案: