Question

我使用来自R中heatmap.2包的gplots函数可视化数据集。基本上我正在对原始数据执行层次聚类分析，同时强制执行heatmap显示数据的有限版本（在-3和+3之间），以限制异常值对热图外观的影响，同时仍保留原始聚类。当我使用完整数据集（fullmousedatamat）时，它工作得很好。但是，当我使用部分数据集（partialmousedatamat），并希望使用与完整数据集相同的键绘制它时，从键中删除了几种颜色，我无法弄清楚为什么。

以下是包含相关数据集和分析的要点：

https://gist.github.com/jeffbruce/7412f567ac57fe1721a3

注意中心白色两侧的第4种颜色是如何掉落的。这对我来说可能是个错误。我收到以下警告信息，我不确定如何解释：

Warning message:
In image.default(z = matrix(z, ncol = 1), col = col, breaks = tmpbreaks,  :
  unsorted 'breaks' will be sorted before use

感谢您的帮助！

Answer 1

我遇到了同样的问题，我不得不通过heatmap.2的代码来解决这个问题。

事实证明，symkey=T是默认值，会在breaks的两端添加数据的极值，使其无法排序：

tmpbreaks <- breaks
  if (symkey) {
    max.raw <- max(abs(c(x, breaks)), na.rm = TRUE)
    min.raw <- -max.raw
    tmpbreaks[1] <- -max(abs(x), na.rm = TRUE)
    tmpbreaks[length(tmpbreaks)] <- max(abs(x), na.rm = TRUE)
  }

因此，解决此问题的简单方法是在您提供自己的休息时添加symkey=F。

R gplots heatmap.2 - 使用break参数键不稳定（警告：未排序＆＃39;中断＆＃39;将在使用前排序）

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