如何解释从heatmap.2生成的热图键和直方图？

Question

亲爱的stackoverflow社区，我已经从以下R代码生成了一个随机矩阵的热图。我无法解释图表左上角的颜色键和直方图。

library("gplots")
library("RColorBrewer")
m<-matrix(rexp(200, rate=.1), ncol=20)
colors <- colorRampPalette( rev(brewer.pal(11, "RdYlGn")) )(255)
heatmap.2(m, col=colors, trace="none", Rowv=FALSE)

颜色键和直方图中x和y轴的含义是什么？

另外，我注意到我能够使用scale参数缩放数据行或列。例如：

heatmap.2(m, col=colors, scale="row", trace="none", Rowv=FALSE)

我将能够得到：

我应该如何解释行z-score？

提前谢谢大家！

Answer 1

它只是矩阵m中所有值的直方图（值与频率）以及它们与指定的热图颜色范围的对应关系。使用scale参数，您已将m中的每个值转换为行Z分数，或标准偏差的数量高于或低于其行的平均值。这使得分布以色标的中点为中心，因此热图具有更高的对比度并且更容易解释。

要检查热图是否具有最佳细节和可解释性，您可以打开trace并检查线条是否位于相当大比例的顶部和底部（或最左侧和最右侧）。瓦片。