Question

我使用“sub”脚本在LINUX HPC上提交了一个R脚本。我在R中编写了一个函数来应用于列表。但是，一旦遇到错误的文件，它就会停止运行。如何编写R函数以便它跳过错误并继续使用好的netcdf文件？脚本：

##list files in the SEVIRI data folder
LST1<-list.files(pattern="GT_SSD.*\\.nc",recursive=T, path="/data atsr/SEVIRI/2007")

##Function to create rasters
fun2<-function(x){
##Open the files  
y1<-nc_open(x)
##Get soil moisture variable
y2<-ncvar_get( y1,"LST")
y3<-t(y2)
R1<-raster(y3, xmn=-80,xmx=80,ymn=-42,ymx=80)
proj4string(R1)<-CRS("+proj=longlat +ellps=WGS84")
frm <- extent(c(-19, 19,2,29))
pfrm <- as(frm, 'SpatialPolygons')  
R3<-crop(R1,pfrm)}

当我应用函数

时

LST2<-lapply(LST1,fun2)

错误消息是：

 Error in nc_open(x) : 
 Error in nc_open trying to open file GT_SEV_2P/GT_SSD- L2-SEVIR_LST_2-20110122_010000-LIPM-0.05X0.05-V1.0.nc

一旦发生这种情况，脚本就会停止运行。我如何确保它继续在优质产品上运行？上面的代码只是第一组代码。

Answer 1

以下是try的示例。请注意，我大大简化了您的功能。我无法确定这一点，因为我没有您的数据，但这种更直接的方法适用于大多数情况。您当然不需要创建SpatialPolygons对象以在crop中使用。

fun2 <- function(x, ext) {
    R1 <- try(raster(x, var="LST"), silent=TRUE)
    if (class(R1) == 'try-error') {
        return(NA)
    }
    frm <- extent(c(-19, 19, 2, 29))
    crop(R1, frm)
}

x <- lapply(LST1, fun2)

跳过lapply中的错误并继续处理R中的ncdf4文件

1 个答案: