Question

我需要使用csv将来自源的各种lapply文件导入到列表中。

重点是我想要的csv文件是例如100但源只包含其中的80个。

如何跳过源中未包含的文件？

这是我的代码：

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE)
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") #define the filenames
directory <- "~I/am/not/that/dumb" #set directory where take files to read
filenames <- file.path(directory, filenames) #construct the files paths

list <- lapply(filenames, read.csv, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE) #import the csv into a list

但是我得到了错误：

文件错误（文件，“rt”）：无法打开连接另外：警告消息：在文件（文件，“rt”）中：无法打开文件 '/Users/I/am/not/that/dumb/26003.csv'：没有这样的文件或目录

显然是因为文件26003.csv未包含在源代码中。

有关如何跳过不存在的文件的任何建议吗？

要导入的csv文件总数为＆gt;＆gt; 100因此我无法手动完成。

Answer 1

我可以想到两个选择。

1）导入前检查文件名是否存在（类似于对OP的评论）：

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE)
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") 
directory <- "~I/am/not/that/dumb" 
filenames <- file.path(directory, filenames)
filenames <- intersect(filenames, list.files(directory, full.names = TRUE)) # added
list <- lapply(filenames, read.csv, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)

2）使用try / tryCatch来处理错误：

一个简单的方法是：

stations <- read.csv("stations.csv", header = TRUE)
filenames <- paste(stations$ID, "csv", sep = ".") 
directory <- "~I/am/not/that/dumb" 
filenames <- file.path(directory, filenames) 

lst <- lapply(filenames, function(x) {
  try(read.csv(x, header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE))
})

结果列表对象可能包含try-error个元素。如果要删除它们，可以使用

lst <- lst[sapply(lst, function(x) !inherits(x, "try-error"))]

将多个csv文件导入列表并跳过不存在的文件

1 个答案: