R

Question

对于一组文档，我有一个大小为30 X 32的特征矩阵，其中行表示文档，列=要素。所以基本上每个文档有30个文档和32个特征。在运行PSO算法之后，我已经能够找到一些聚类质心（我现在不确定它们是否是最佳的），每个聚类质心都是长度为32的行向量。我有一个大小为30X1的列向量显示每个文档已分配到的质心。因此，该向量的索引之一将包含已分配文档1的质心的索引，依此类推。这是在计算每个文档与质心的欧氏距离之后获得的。我想得到一些提示，关于R中是否有一种方法可以以簇的形式绘制这个多维数据。有没有办法，例如，我可以将这些尺寸折叠为1-D，或以某种方式将它们显示在可能有点漂亮的图表中。我一直在阅读Multidimensional Scaling。到目前为止，我对它的理解是，它是一种将多维数据减少到较低维度的方法，这看起来似乎是我想要的。所以，我尝试使用这个代码（质心[[3]]基本上由4 X 32矩阵组成，代表4个质心）：

   points <- features.dataf[2:ncol(features.dataf)]
row.names(points) <- features.dataf[,1]

fit <- cmdscale(points, eig = TRUE, k = 2)
x <- fit$points[, 1]
y <- fit$points[, 2]
plot(x, y, pch = 19, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", main="Clustering Text Based on PSO", type="n")
text(x, y, labels = row.names(points), cex=.7)

它给了我这个错误：

Error in cmdscale(pointsPlusCentroids, eig = TRUE, k = 2) : 
  distances must be result of 'dist' or a square matrix

然而，它似乎确实给了一个情节。但是pch = 19点符号不会出现，只会出现文本名称。像这样：

除了上述内容之外，我还想对这些颜色进行着色，使得位于簇1中的文档被着色为一种颜色，而那些颜色为2的颜色等等。如果我有一个以这种方式存在质心的列向量，有没有办法做到这一点：

     [,1]
 [1,]    1
 [2,]    3
 [3,]    1
 [4,]    4
 [5,]    1
 [6,]    4
 [7,]    3
 [8,]    4
 [9,]    4
[10,]    4
[11,]    2
[12,]    2
[13,]    2
[14,]    2
[15,]    1
[16,]    2
[17,]    1
[18,]    4
[19,]    2
[20,]    4
[21,]    1
[22,]    1
[23,]    1
[24,]    1
[25,]    1
[26,]    3
[27,]    4
[28,]    1
[29,]    4
[30,]    1

有人可以帮我这个吗？或者，如果有任何其他方式来绘制像这样的多维集群。谢谢！

Answer 1

由于cmdscale需要距离，请尝试cmdscale(dist(points), eig = TRUE, k = 2)。由于type = "n"，符号不会出现。要使文字着色，请使用：text(x, y, rownames(points), cex = 0.6, col = centroids)