我的问题是，我必须扫描具有给定数量的最大替换，插入和缺失的DNA序列。
为此，我已经能够修改Levenshtein算法以确定这一点，从序列中的每个字符开始。但这是慢的方法，我想知道是否有一种方法可以预测每个角色没有可能的匹配，所以我可以避免使用Levenshtein算法并跳到序列中的下一个字符。 / p>
我需要尽可能快地评估此匹配无法正常工作
当我在每个序列中通过char迭代char时，这是否可行或是否有其他方法来处理这个问题？
示例：
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对于单一模式，有Knuth-Morris-Prat算法。当然这取决于数据，但它是最快的算法。对于多种模式，有Aho-Corasick算法。您可以使用php @ codeplex.com（phpahocorasick）尝试我的实现。它还允许使用通配符。