在ggplot

Question

我为我生成ggplots的多个站点提供了csv的时间序列数据，显示了使用changepoint包的方法的变化。我编写了一个函数，它接受csv，执行一些计算以获得方法然后遍历站点，为每个站点生成一个图。我的问题是找不到在for循环中创建的对象。

下面是一个非常简单的示例，但会产生相同的错误：

df1 <- data.frame(date = seq(as.Date("2015-01-01"), as.Date("2015-01-10"),
                         by = "day"),
              site1 = runif(10),
              site2 = runif(10),
              site3 = runif(10))

example <- function(df1){

    sname <- names(df1)[-1]

    for (i in 1:length(sname)){
            df2 <- df1[,c(1, 1+i)]
            df2$label <- factor(rep("ts", by=length(df2[,1])))

            plot <- ggplot()+
                    geom_point(data=df2, aes(x=date, y=df2[,2]))+
                    geom_line(data=df2, aes(x=date, y=df2[,2]))
            sname.i<-sname[i]
            filename<-paste0(sname.i, "-test-plot.pdf")
            ggsave(file=filename, plot)
    }
}

example(df1)

我得到的错误是：“eval中的错误（expr，envir，enclos）：找不到对象'df2'”

我不太确定问题是什么，因为我创建了类似的循环，这些循环在过去有效。如果我为i分配一个值并循环遍历循环中的代码，它可以正常工作。我在想环境问题？还是ggsave在做什么呢？感激地收到任何帮助/指针。 感谢。

Answer 1

你的问题不是你的代码，而是ggplot2包的实现。该软件包使用非标准评估，这会严重影响您的结果。

看一下本文末尾的示例代码。我在全局环境中创建了一个名为df2的数据框，其值不同。如果我现在运行你的代码，你会得到如下图：

请注意，在X轴上，它使用正确的日期，但Y轴上的值是来自全局环境中的数据框df2的值！因此函数aes()在两个不同的位置查找数据。如果将变量的名称指定为符号（date），则该函数首先查看函数调用中指定的数据框。但是，在数据框中找不到像df2[,2]这样的表达式，因为没有该名称的变量。由于构造ggplot2包的方式，R将在全局环境中而不是调用环境中寻找它。

根据 wici 的评论：你最好的选择可能是使用函数aes_string()，因为这允许你传递字符形式的aes，这个函数在正确的环境中评估表达式：

plot <- ggplot()+
      geom_point(data=df2, aes_string(x="date", y=sname[i]))+
      geom_line(data=df2, aes_string(x="date", y=sname[i]))

或者，您可以使用eval()和parse()来解决这个问题：

example <- function(df1){

  sname <- names(df1)[-1]

  for (i in 1:length(sname)){
    df2 <- df1[,c(1, 1+i)]
    df2$label <- factor(rep("ts", by=length(df2[,1])))

    aesy <- sname[i]
    command <- paste("plot <- ggplot()+
      geom_point(data=df2, aes(x=date, y=",aesy,"))+
      geom_line(data=df2, aes(x=date, y=",aesy,"))")

    eval(parse(text=command))                     
    sname.i<-sname[i]
    print(plot)
  }

如果你尝试使用下面的示例脚本，你会看到这一次你得到正确的值显示。请注意，这是一个次优解决方案，因为大多数解决方案涉及eval()。我来这里aes_string()。

示例脚本

df1 <- data.frame(date = seq(as.Date("2015-01-01"), as.Date("2015-01-10"),
                             by = "day"),
                  site1 = runif(10),
                  site2 = runif(10),
                  site3 = runif(10))

df2 <- data.frame(date = seq(as.Date("2014-10-01"), as.Date("2014-10-10"),
                             by = "day"),
                  site1 = runif(10,10,20),
                  site2 = runif(10,10,20),
                  site3 = runif(10,10,20))

example <- function(df1){

  sname <- names(df1)[-1]

  for (i in 1:length(sname)){
    df2 <- df1[,c(1, 1+i)]
    df2$label <- factor(rep("ts", by=length(df2[,1])))

    plot <- ggplot()+
      geom_point(data=df2, aes(x=date, y=df2[,2]))+
      geom_line(data=df2, aes(x=date, y=df2[,2]))

    sname.i<-sname[i]
    print(plot)
  }
}

example(df1)